Mission principale:
Le/la bioinformaticien·ne recruté·e travaillera au sein du projet Delta-DECODE, financé par l’ANRS, qui vise à déchiffrer les interactions entre le virus de l’hépatite Delta (HDV) et le microenvironnement hépatique. Ce projet repose sur une large cohorte de biopsies hépatiques de patients, et utilise des approches de pointe : RNA-seq bulk, single-cell transcriptomics et transcriptomique spatiale à haute résolution.
La mission consistera à développer et mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques pour le traitement et l’intégration de ces données, à identifier des signatures moléculaires liées à la progression de la maladie et au pronostic, et à contribuer à leur valorisation scientifique au sein d’un consortium multidisciplinaire associant cliniciens, biologistes, biostatisticiens et partenaires nationaux et internationaux.
Activités principales:
Traitement et analyse de données RNA-seq (bulk, single-cell et spatiale).
Développement/adaptation de workflows bioinformatiques (QC, alignement, clustering, analyse différentielle, pathway analysis).
Intégration des données omiques avec les données cliniques.
Gestion et organisation des données.
Collaboration avec les équipes de Strasbourg, Henri Mondor et partenaires internationaux.
Contribution aux publications scientifiques.
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