Contexte du recrutement et définition de poste :
Stage de césure : 4 mois
Stage basé à : Concarneau (29)
Date de début du stage : 1 septembre 2026
Date limite de réponse : 30/06/2026
Ce stage est co-porté par le Bretagne Vivante-SEPNB-CEN Bretagne et le CESCO.
Bretagne Vivante-SEPNB-CEN Bretagne est une association œuvrant dans le domaine de la protection de la nature et de l’environnement en Bretagne. Elle a pour objectifs principaux l’amélioration de la connaissance et
la conservation du patrimoine naturel (gestionnaire d’une centaine d’espaces protégés), l’animation, la sensibilisation et la valorisation pour une éducation populaire à la nature.
Le CESCO est un laboratoire du Muséum National d’Histoire Naturelle qui développe des recherches pour la conservation de la biodiversité, en mobilisant des approches d'écologie et d'évolution ainsi que des interfaces
avec les sciences sociales.
Au sein du CESCO, le CRBPO, la plateforme technique d’écologie aviaire, fondée sur le principe de science participative qui coordonne les suivis des populations d’oiseaux par le baguage scientifique sera également directement impliqué.
Contexte
Le Phragmite aquatique est l’un des oiseaux les plus rares d’Europe dont le statut de conservation est défavorable (liste rouge, catégorie vulnérable, IUCN). Après la période de reproduction, ce passereau des zones humides, essentiellement distribué en Europe de l'Est en période de reproduction, traverse la France et l’Europe de l'Ouest pour rejoindre ses quartiers d'hivernage en Afrique de l'Ouest. Des travaux sur les données
de capture et recapture issues des programmes de suivi de la migration par le baguage (porté par le CESCO-CRBPO) ont montré que la quasi-totalité de la population mondiale transite par la France pour rejoindre l'Afrique (Jiguet et al., 2011).
Dans le cadre du PNA en faveur du Phragmite aquatique, l’objectif est de disposer d’un réseau suffisant de haltes migratoires. Avec les termes de « suffisant » et « haltes migratoires », les notions de : distance, pérennité/protection dans le temps, ressources alimentaires, … sont notamment prises en compte.
Plusieurs outils ont déjà été développés dans le cadre du PNA pour disposer de paramètres de qualification des sites de migration.
Dans le PNA II, le paramètre sur les ressources alimentaires a été ajouté. Il nécessite de bien connaître le régime alimentaire de l’espèce. Pour cela, plusieurs études, avec différentes méthodes ont été réalisées depuis plusieurs années.
Objet du stage
L’objet du stage est la synthèse de la connaissance sur le régime alimentaire du Phragmite aquatique à une échelle nationale.
Entre 2001 et 2025, plusieurs méthodes ont été mises en œuvre pour connaître le régime alimentaire du Phragmite aquatique sur les sites de migration en France, en période post-nuptiale. Les résultats ont été
exploités et publiés à des échelles locales. Les données sont issues de différents producteurs, sur différents sites, sur différentes années. Le protocole repose toujours sur l’étude des fèces de l’espèce ; mais l’analyse
de ces fèces a relevé de la recherche de reste d’arthropodes à l’analyse par aujourd’hui est de regrouper ces données.
Le travail du stagiaire consistera donc à :
- Rassembler les données et les homogénéiser
- Décrire les données et les protocoles pour une description fine des métadonnées
- Mettre à disposition des données par publication dans un entrepôt institutionnel national et international
- Standardiser les données pour partage dans le GBIF
- Initier la rédaction d’un data paper
- En fonction du temps et de la pertinence de la démarche, réanalyse des données ADNe avec workflows
En fonction du temps et des possibilités, le stagiaire pourra de manière annexe découvrir le travail des salariés du Bretagne Vivante-SEPNB-CEN Bretagne.
Profil recherché :
Profils en césure, fortement par la gestion et l’analyse de données et l’ornithologie. Pas de compétences particulières poussées requises mais des connaissances en manipulation de données, dans
l’utilisation de solutions logicielles de type tableur et/ou de langage de programmation comme R.
Conditions de travail
La/le stagiaire sera encadrée(e) par : Yvan le Bras, ingénieur de recherche MNHN, responsable scientifique et technique du pôle national de données de Biodiversité de l’infrastructure Data Terra ; Christine Blaize, animatrice du Plan National d'Actions en faveur du Phragmite aquatique au Bretagne Vivante-SEPNB-CEN Bretagne (basé à Brest) ; Christian Kerbiriou, maître de conférences au CESCO basé à la station marine de Concarneau.
Le stage sera conventionné avec le Bretagne Vivante-SEPNB-CEN Bretagne et accueilli à la station marine de Concarneau.
Un groupe d’accompagnement du stage sera également constitué pour intégrer les autres partenaires de la conservation du Phragmite aquatique en France, comme Romain Lorrillière Ingénieur de Recherche CNRS au
CESCO-CRBPO, Mallaury Lacombe coordinatrice Bretagne Vivante-SEPNB-CEN Bretagne du LIFE AWOM.
Indemnisation
Gratification de stage prévue dans le cadre de la loi pour tout stage supérieur à 2 mois. Remboursement des frais inhérents à la mission.
Références
Blaize C., Le Nevé A., Dumeige B., Jiguet F., Dugué H., Ledard M., Provost P., Musseau R., Batard R. & Paillette V. (2022)
– Plan National d’Actions en faveur du Phragmite aquatique Acrocephalus paludicola 2022-2031. Ministère de la Transition Ecologique, 88p.
Jiguet F., Chiron F., Dehorter, O., Dugué, H., Provost, P., Musseau, R., Guyot, G., Latraube, F., Fontanilles, P., Séchet, E., Laignel, J., Gruwier, X., Le Nevé, A., (2011) – How many Aquatic Warblers Acrocephalus paludicola stop over in France during the autumn migration? Acta Ornithologica 46, 135–142.
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