Topic description
La glycosylation des protéines est une modification post-traductionnelle permettant leur maturation et leursécrétion. Elle influence le comportement des cellules, la réponse immunitaire, et est impliquée dans de nombreux processus pathologiques. Pourtant, les mécanismes transcriptionnels et métaboliques quirégulent la glycosylation restent mal compris. Ce projet de thèse s'intègre à un projet plus global visant à élucider comment le complexe chromatinien conservé Tip60 orchestre un programme métabolique alimentant la glycosylation pour contrôler la sécrétion protéique dans des contextes développementaux et inflammatoires.
En collaboration avec le groupe de Patrick Jouandin (IRCM, Montpellier), nous allons combiner fluxomique et génomique fonctionnelle dans des modèles de Drosophile et des cellules humaines afin de cartographier les voies métaboliques contrôlant la glycosylation, en analysant leurs flux et leur régulation transcriptionnelle. Nos données préliminaires montrent que Tip60 module l'expression d'enzymes métaboliques et de glycosyltransférases, impactant la composition des glycannes et la sécrétion de signaux clés pour l'immunité. Nous avons développé des outils innovants pour suivre les flux métaboliques, et des approches de génomique fonctionnelle pour identifier les cibles directes de Tip60.
Ce projet permettra de mieux comprendre comment l'état chromatinien influence les fonctions métaboliques, et la communication cellulaire via les glycannes. Il apportera des méthodes transférables à d'autres systèmes biologiques et contribuera à révéler de nouveaux mécanismes impliqués dans les pathologies liées à Tip60 et à la glycosylation.
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N-linked glycosylation is a post-translational modification essential for protein folding, quality control, and secretion. It shapes cell identities, immune responses, and its alteration is increasingly recognized as hallmarks of pathological states. Yet, the transcriptional and metabolic mechanisms regulating glycosylation remain poorly understood. The PhD candidate will integrate a broader project aimed at uncovering how the Tip60 chromatin modifying complex orchestrates a metabolic program fueling glycosylation to control protein secretion in the contexts of development and immunity.
In collaboration with the group of Patrick Jouandin (IRCM, Montpellier), we will combine fluxomics and functional genomics in Drosophila and human cells models to map the “Glycosylation Super Pathway” (GSP), analyzing its metabolic flux and transcriptional regulation. Preliminary data show that Tip60 modulates the expression of metabolic enzymes and glycosyltransferases, impacting glycan composition and the secretion of key developmental and immune
signals. We developed innovative tools to trace carbon flow through the nine metabolic branches of the GSP, and advanced functional genomic approaches to identify Tip60's direct targets.
This project will clarify how chromatin state influences metabolic functions and glycan-mediated cell communication. It will deliver transferable methods for studying glycosylation control across biological systems and reveal new mechanisms underlying Tip60 and glycosylation-linked pathologies.
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Début de la thèse : 01/10/
Funding category
Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)
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