Chargé de projet scientifique en modélisation mathématique f/h

Intitulé complet du poste : Chargé de projet scientifique en modélisation mathématique des maladies infectieuses F/H Type de contrat : - CDD de 5 ans de droit public à mi-temps. - Mise à disposition d’une unité de recherche Missions : La personne recrutée effectuera le développement, l’adaptation et la validation de modèles mathématiques et statistiques pour l’analyse des données épidémiologiques recueillies par Santé publique France ou ses partenaires dans le cadre de la surveillance des maladies infectieuses, notamment dans un objectif d’aide à la décision. Dans ce cadre, elle aura accès aux bases du Système National des Données de Santé (SNDS) et aux données issues des systèmes de surveillance de l’agence. Activités : Sous l’autorité de l’adjoint au Directeur, en lien avec les épidémiologistes de la Direction des Maladies Infectieuses (DMI) ou des autres directions de l’agence, la personne recrutée aura en charge les activités suivantes dans le champ de la modélisation mathématique des maladies infectieuses à transmission vectorielle : Développer et adapter des modèles mathématiques et statistiques pour mieux comprendre et décrire la dynamique des maladies à transmission vectorielle (MTV), en particulier les arboviroses. Différentes approches pourront être mobilisées ; celles-ci pourront notamment inclure des modèles statistiques et des méthodes d’apprentissage automatique, permettant d’identifier les facteurs associés à la transmission, ainsi que des modèles mécanistes, décrivant explicitement les processus de transmission entre hôtes et vecteurs ; des modèles spatio-temporels pourront également être développés afin de prendre en compte l’hétérogénéité environnementale, climatique et démographique ; Développer et adapter des modèles épidémiologiques intégrant les données de séquençage génomique (notamment produites par le CNR) pour analyser les dynamiques de transmission aux échelles macro (flux entre territoires) et micro (foyers locaux, chaînes de contamination). Produire des prévisions à court et moyen terme ( nowcasting et forecasting) à l’aide des modèles développés, en particulier en cas de forte pression d’importation ou lors d’épidémies sur le territoire (incluant l’outremer), afin d’anticiper le risque de diffusion épidémique. Ils s’appuieront sur une exploitation optimisée des données épidémiologiques disponibles pour améliorer les prévisions. L’objectif est d’exploiter les séries temporelles existantes afin de produire des projections robustes, en adaptant les méthodes aux spécificités des contextes locaux, dont les dynamiques peuvent différer sensiblement entre la France hexagonale et les territoires ultramarins. Initier ou de contribuer à des travaux de modélisation épidémiologique, en intégrant une approche One Health pour certains systèmes vectoriel (e.g. virus West Nile, Usutu,…) en collaboration avec les équipes de modélisation des principaux partenaires de Santé publique France. - Ingénieur de Recherche/Chercheur. Doctorat (épidémiologie des maladies infectieuses, physique ou mathématiques appliquées, statistiques, informatique appliquée à la santé). - Formation en Modélisation mathématique des maladies infectieuses (Doctorat ou équivalent). Une expérience post-doctorale (post-doc) en recherche appliquée à la modélisation des dynamiques infectieuses, à l’analyse de données épidémiologiques, ou à la conception de modèles prédictifs serait appréciée. Une habilitation au SNDS serait appréciée. - Expérience professionnelle de la modélisation mathématique et statistique appliquée à la surveillance des maladies infectieuses et la gestion des bases de données Aptitudes et compétences :. Bonnes qualités relationnelles. Capacité à travailler en équipe multidisciplinaire. Très grande rigueur. Sens de l’organisation et de la méthode. Bonne gestion du temps. Capacités d’anticipation, d’initiative et de décision. Capacités rédactionnelles. Compétences dans les techniques de codage, modélisation et analyse de jeux de données volumineux et complexes. Bon niveau de maîtrise des langages de programmation (R, Python…), de la gestion et partage de code (Git/GitHub) et de bases de données (SQL…) et logiciel de bureautique (Word, Excel, Outlook, Powerpoint). Capacité à se mobiliser en urgence. Anglais : parlé et écrit couramment Santé publique France est l’agence nationale de santé publique française. Etablissement public de l’Etat sous tutelle du ministre chargé de la santé et de la prévention, créé par l’ordonnance 2016-246 du 15 avril 2016, l’agence intervient au service de la santé des populations. Agence scientifique et d’expertise du champ sanitaire, elle a pour missions : 1° L'observation épidémiologique et la surveillance de l'état de santé des populations ; 2° La veille sur les risques sanitaires menaçant les populations ; 3° La promotion de la santé et la réduction des risques pour la santé ; 4° Le développement de la prévention et de l'éducation pour la santé ; 5° La préparation et la réponse aux menaces, alertes et crises sanitaires ; 6° Le lancement de l'alerte sanitaire. L’agence est organisée autour de 12 directions scientifiques, transversales ou assurant le soutien à l’activité. Les orientations stratégiques de l’agence et son programme de travail, arrêtés par son Conseil d’administration, se déclinent en trois axes : Consolider la capacité d’anticipation et de réponse réactive pour faire face aux menaces sanitaires ; Mesurer et évaluer l’ampleur des maladies et des facteurs de risques pour guider leur prévention et leur contrôle ; Renforcer l’impact sur la santé dans toutes les politiques publiques et la prévention et promotion de la santé.