Publiée le 16 juin
Mission du poste
Vos missions en quelques mots Sujet de thèse : L’analyse immunopeptidomique est aujourd’hui un des champs d’application de l’analyse protéomique le plus prometteur. La révolution instrumentale en spectrométrie de masse a permis d’atteindre les niveaux de sensibilité nécessaire pour pouvoir identifier en profondeur la collection des immunopeptides présentés par les molécules HLA, purifiés à partir de quelques millions de cellules. Néanmoins, l’immunopeptidomique présente encore des défis analytiques majeurs à relever concernant l’ensemble des étapes du workflow : des étapes biochimiques de purification sensible et sans contaminations des immunopeptides, à l’adaptation des méthodes de séparation chromatographique et de séquençage par spectrométrie de masse en tandem de ces peptides particuliers (non trypsiques entre autres) jusqu’à l’implémentation de stratégies de traitement des données adaptées. Le candidat (H/F) sera impliqué dans l’optimisation de l’ensemble de ces étapes et appliquera les méthodes optimisées pour la caractérisation des immunopeptidomes et la recherche de néoépitopes dans un contexte de lymphopathies. Contexte : La thèse sera rattachée à l'Ecole Doctorale des Sciences Chimiques de l'Université de Strasbourg (ED222). L’Institut Pluridisciplinaire Hubert CURIEN (IPHC), unité mixte de recherche sous cotutelle du CNRS et de l’Université de Strasbourg (UMR7178), est un laboratoire pluridisciplinaire où des équipes de recherche de cultures scientifiques différentes (écologie, physiologie et éthologie, chimie et physique subatomique) développent des programmes de très haut niveau avec pour socle l’instrumentation scientifique. L'IPHC est structuré en 3 départements et comptabilise un effectif total de 393 agents (H/F) dont 257 agents permanents (soit 119 chercheurs et enseignants-chercheurs et 138 ingénieurs et techniciens H/F), 46 agents en CDD et 102 doctorants H/F. Le doctorant (H/F) rejoindra l'équipe LSMBO (Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique) de l'IPHC composée de 12 chercheurs et enseignants-chercheurs et 9 ingénieurs et techniciens permanents (H/F). Le doctorant (H/F) bénéficiera de toutes les conditions matérielles (instrumentation LC-MS / MS), humaines (partage d'expertise) et informatiques (accès à tous les outils logiciels de traitement des données LC-MS / MS) nécessaires à la bonne réalisation de ce projet de thèse. Le projet de thèse sera mené en interaction étroite avec les cliniciens onco-hématologues des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (Dr. Delphine Rolland et Prof. Luc Fornecker) ainsi que des collaborateurs académiques et industriels déjà identifiés pour des problématiques nécessitant des approches immunopeptidomiques. Le candidat (H/F) doit être titulaire d'un master et/ou d'un diplôme d'ingénieur. Il ou elle devra justifier de solides connaissances en biochimie des protéines, en spectrométrie de masse et en chromatographie. Un intérêt marqué pour la bioinformatiqu Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr Profil recherché Contraintes et risques : -Travail occasionnel en horaire décalé. -Travail dans un environnement certifié ISO 9001 Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français Seuil
