Ingénieur / ingénieure d'intégration applicative (h/f)

Mission :
ATLASea est un programme focalisé sur la génomique de la biodiversité marine le long des côtes françaises. Piloté par le CNRS et le CEA, il inclut de nombreuses institutions partenaires en France et s'intègre dans un large contexte international. ATLASea va séquencer les génomes de 4500 espèces le long du littoral français en métropole et en outre-mer. Le programme s'étendant sur 8 ans, va échantillonner la biodiversité marine sous la coordination du MNHN à travers des expéditions et avec l'aide des stations marines. Le séquençage et l'assemblage des génomes sont réalisés au Genoscope sous la coordination de France Génomique, et les données sont gérées et analysées sous la coordination de l'Institut Français de BioInformatique (dans le cadre du projet BYTE-SEA). Des projets pilotes coordonnés par l'ANR proposeront à la communauté scientifique française d'exploiter ces données massives dans le contexte de l'analyse et de la synthèse de molécules marines, de l'écologie des espèces invasives, et de l'innovation.
En tant que partenaire du projet BYTE-SEA, dédié à la mise en place de l'infrastructure informatique du PEPR ATLASEA, la plate-forme GenOuest recrute un ingénieur développeur (H/F) pour contribuer au développement d'un système automatisé de création de portails web dédiés à l'exploration des données génomiques produites par le projet.
L'ingénieur développeur interviendra sur des pipelines d'intégration continue, sur des workflow de traitement et de validation de données, et sur l'intégration d'applications web existantes ou à créer. Il aura pour mission d'assurer le passage à l'échelle des solutions retenues pour l'intégration de plusieurs milliers de génomes. Enfin, il prendra une part active aux collaborations à l'échelle nationale et internationale dans le cadre du projet en participant activement aux réunions et ateliers.

Activités :
Activités principales :
- Contribuer au développement du logiciel BEAURIS (https://gitlab.com/beaur1s)
- Assurer la maintenance et l'évolution des modules existants
- Intégrer de nouveaux modules de pré-traitement de données
- Intégrer de nouveaux composants web de visualisation de données
- Assurer la diffusion des données générées en respectant les principes FAIR et ceux de la science ouverte
- Assurer l'interconnexion avec des bases de données externes
- Assurer le passage à l'échelle (calcul, interfaçage web) de la solution existante pour plusieurs milliers de génomes
- Diffuser et valoriser des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales
- Assurer une veille technologique
- Participer aux initiatives européennes et internationales autour du projet ATLASea et des projets internationaux partenaires (Earth BioGenome Project)

Activités associées :
- Présenter ses activités : webinars, réunions de travail en visio et en présentiel.
- Participer à l'assistance et au support utilisateur.
- Participer à l'organisation et à la réalisation de formations à l'utilisation des solutions mises en place