Contexte du recrutement et définition de poste :
Contexte du stage :
Malgré les efforts réalisés dans le cadre de la Stratégie Nationale pour le Grand tétras 2012-2021, les populations françaises de Grand tétras (Tetrao urogallus) continuent de décliner. Le massif jurassien ne fait pas exception avec un taux de déclin de 20% tous les 10 ans depuis 1990. Face à ce constat, les stratégies diffèrent : certains acteurs du massif vosgien ont fait le choix de renforcer leurs populations au seuil de l’extinction.
Cette action n’est pas anodine et fait déjà l’objet de réflexions parmi les acteurs de la conservation du massif jurassien. Le Groupe Tétras Jura, via son Conseil d’Administration (composé pour moitié de structures représentants les acteurs du territoire), a déjà engagé de très nombreuses actions en faveur du coq de Bruyère : sur l’habitat, le dérangement, la sensibilisation des publics, etc. Le moment de la décision se rapproche, et il est d’autant plus important de se positionner rapidement que le succès de l’opération en dépend.
Depuis plus de dix ans, un protocole de suivi génétique est conduit sur le massif jurassien afin d’étudier la population de Grand tétras. Ce protocole repose sur la collecte d’échantillons de fèces en hiver, selon deux approches complémentaires :
1. Suivi des places de chant
2. Suivi par transects en zones favorables
Ces échantillons sont principalement utilisés pour des analyses génétiques (structure de population, diversité, flux de gènes). Cependant, au cours de ces campagnes, certains prélèvements ont été exploités de manière opportuniste pour des analyses parasitologiques, fournissant des données préliminaires intéressantes mais non systématisées.
Dans un contexte de dérèglement climatique, les risques parasitaires augmentent : la hausse des températures favorise la dispersion des pathogènes, accroît les taux de transmission et peut impacter la survie des espèces. Chez les Tétraoninés, de nouveaux parasites ont été observés (ex. Haemoproteus sp. dans les Pyrénées), illustrant l’expansion des hémosporidies et des ectoparasites. Les populations méridionales semblent particulièrement vulnérables, mais l’impact réel sur la démographie reste mal connu.
L’ADN environnemental (ADNe) et les approches de métabarcoding offrent une méthode non invasive pour caractériser le régime alimentaire des espèces sauvages avec une précision inédite. Chez le Grand tétras, ces techniques permettent d’identifier une grande diversité de taxons végétaux consommés, révélant des variations spatiales et saisonnières importantes. Cette information est cruciale pour comprendre la disponibilité des ressources et l’adaptation des populations dans un contexte de changement climatique.
De plus, l’ADNe appliqué à des échantillons fécaux peut être combiné à des analyses génétiques et parasitologiques, fournissant une vision intégrée de l’état écologique et sanitaire des populations. Une telle approche constitue un outil puissant pour orienter les stratégies de conservation des galliformes de montagne.
Problématique :
Les parasites gastro-intestinaux peuvent influencer la santé et la dynamique des populations de Grand tétras, notamment dans un contexte de fragmentation des habitats et de stress environnemental.
Par ailleurs, le régime alimentaire est un indicateur clé de la qualité des habitats et des ressources disponibles. L’ADN environnemental (ADNe) offre aujourd’hui des perspectives innovantes pour combiner ces deux approches à partir d’un même type d’échantillon (fèces), permettant une vision intégrée de l’état sanitaire et écologique des populations.
Comment concevoir un protocole efficace permettant d’évaluer simultanément la parasitologie et le régime alimentaire du Grand tétras à partir d’échantillons non invasifs (fèces), dans un contexte de changement climatique ?
Objectifs du stage :
3. Revue bibliographique : État des connaissances sur les parasites du Grand tétras. Techniques actuelles de détections des parasites chez les galliformes de montagne. Techniques actuelles de détection de régimes alimentaires par ADN environnementale.
4. Analyse des données existantes : Compilation et traitement des résultats parasitologiques existants. Discussion des biais et limites de cette méthode.
5. Élaboration d’un protocole combiné :
Concevoir une méthodologie permettant de réaliser simultanément :
6. Analyses parasitologiques (détection et identification des parasites)
7. Analyses du régime alimentaire (via métabarcoding ADN environnemental)
Par ailleurs, le stagiaire H/F sera également amené à participer aux suivis des populations réalisés par le GTJ. Il pourra être amené à produire des présentations sur le stage devant un public varié. Il participera également à la vie associative de la structure, ainsi qu’à des animations et des conférences en fonction de l’activité.
Le Groupe Tétras Jura en quelques mots :
Le GTJ est une association de protection de la nature qui a pour objectif de protéger la biodiversité des forêts d'altitude sur le massif jurassien français. Elle constitue une plateforme d’acteurs qui porte, développe, appuie et promeut les projets en lien avec la biodiversité des forêts d’altitude jurassiennes.
L'association travaille notamment sur :
8. Amélioration des connaissances et suivi de terrain
9. Communication, animation, et sensibilisation
10. Expertise et de formation de professionnels
L’équipe est composée de 5 salariés à temps plein et accueille régulièrement des stagiaires (de BTS à Master 2) ou des volontaires en service civique.
Profil recherché :
Matériel disponible pour le stage :
11. Licences Microsoft 365 (et Adobe Creative Cloud)
12. Voitures de l’association (permis obligatoire)
13. Ordinateur portable et écran
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