Post-doctoral researcher in bioinformatics - h/f

Description :

FR: ÉQUIPE/RESPONSABLE D'ÉQUIPE

L'équipe « Microbiome-Host Dynamics » fait partie de l'Institut Cochin, situé au centre de Paris, 22 rue Méchain – 75014 Paris, France.
RESPONSABLE D'ÉQUIPE : Lejla Imamovic

https://institutcochin.fr/en/microbiome-host-dynamics

POST-DOC : Projet de recherche
Post-doc en interactions microbiome-système immunitaire

ACTIVITÉS PRINCIPALES

• Conception et mise en œuvre de méthodes et de workflows computationnels pour l'analyse de données métagénomiques.
• Analyse de données métagénomiques virales à l'aide d'outils de viromique computationnelle pour l'analyse de l'écologie virale.
• Rédaction de publications scientifiques
• Présentation des résultats du projet lors de conférences nationales et internationales
• Co-encadrement des étudiants au sein du laboratoire

DESCRIPTION DU POSTE ET ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL

Recherche sur le microbiome, incluant une connaissance approfondie du séquençage métagénomique, du virome, du répertoire immunitaire et de l'intégration des données

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EN: TEAM /TEAM LEADER

Team « Microbiome-Host Dynamics » is part of the Institut Cochin located in the center of Paris, 22 rue Méchain – 75014 Paris, France.
TEAM LEADER: Lejla Imamovic

https://institutcochin.fr/en/microbiome-host-dynamics

ABOUT THE STRUCTURE

The Institut Cochin is a research center affiliated to INSERM, CNRS, Université Paris Cité. The Institut Cochin is composed of 35 teams and 10 core facilities.
www.institutcochin.fr [https://www.institutcochin.fr]

POST-DOC : RESEARCH PROJECT
Postdoc in Microbiome-Immune Interactions

ACTIVITIES MAIN

• Designing and implementing computational methods and workflows for analyzing metagenomic data.
• Analyzing viral metagenomic data using computational viromics tools for viral ecology analysis.
• Preparation of scientific publications
• Presentation of project results in national and international conferences
• Co-supervise students in the lab

JOB SPECIFICATION(S) AND ENVIRONMENT

Microbiome research, including in-depth knowledge of metagenomic sequencing, virome, immune repertoire and data integration



Profil recherché :


FR:

COMPÉTENCES

• Bio-informatique
• Microbiologie
• Écologie
• Immunologie
• Maîtrise de l'anglais à l'oral et à l'écrit

SAVOIR-FAIRE
• Participation à des projets de recherche pluridisciplinaires
• Analyse générale de données métagénomiques et viromique computationnelle
• Analyse statistique,
• Analyse de réseaux et apprentissage automatique,
• Langages de script tels que Bash, Python ou Rust,
• Visualisation de données à l'aide de R ou Python
• Gestion d'environnements virtuels à l'aide de conda ou de conteneurs (Docker/Singularity),
• Planification HPC à l'aide de SLURM et, éventuellement, de langages de workflow tels que Nextflow et Snakemake

COMPÉTENCES

• Rigueur scientifique
• Forte motivation pour la recherche, souci du détail, esprit critique autonome et compétences rédactionnelles
• Capacité à mener un projet de recherche avec un encadrement suffisant, tout en conservant l'autonomie nécessaire pour concevoir et réaliser les expériences

EXPÉRIENCES REQUISES

• Doctorat en bio-informatique avec un intérêt marqué pour la dynamique des microbiomes et les interactions hôte-microbe

NIVEAU DE DIPLÔME ET FORMATION

Doctorat en bio-informatique

DÉBUT :

01/11/2026

DURÉE :

14 mois, renouvelable

TEMPS DE TRAVAIL :

Temps plein,

NOMBRE D'HEURES PAR SEMAINE : 38h30, 32 jours de CONGÉS ANNUELS et 12 JOURS DE RTT

TÉLÉTRAVAIL : * 1 à 2 jours par semaine, sur avis du supérieur hiérarchique et après les 6 premiers mois

RÉMUNÉRATION :

à partir de 2 985,82 € bruts par mois, en fonction de l'expérience professionnelle à des postes équivalents

POUR POSTULER :

LES CANDIDATS DOIVENT ENVOYER LEUR CV, UNE LETTRE DE MOTIVATION ET LES COORDONNÉES DE 2 RÉFÉRENCES :

• Lejla Imamovic

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EN:

EXPERTISE

• Bioinformatics
• Microbiology
• Ecology
• Immunology
• Fluent spoken and written English

KNOW-HOW
• Participate in multi-disciplinary research projects
• General metagenomic data analysis and computational viromics
• Statistical analysis,
• Network analysis and Machine Learning,
• Scripting languages such as Bash,Python or Rust,
• Data visualization using R or Python
• Virtual environment management using conda or containers(Docker/Singularity),
• HPC scheduling using SLURM and optionally workflow languages such as Nextflow and Snakemake

ABILITY

• Scientific rigor
• High level of motivation for research, attention to detail, independent critical thinking, and writing skills
• Conduct research project with sufficient guidance, yet enough independence to design and execut...