Description :
LABORATOIRE DE RECHERCHE VASCULAIRE TRANSLATIONNELLE - U1148
Situé au GH BICHAT CLAUDE BERNARD ( Paris 18)
MISSION PRINCIPALE :
Nous recrutons un·e ingénieur de recherche pour rejoindre un projet de rupture visant à améliorer le diagnostic et le traitement de l’ischémie mésentérique aiguë (IMA), en combinant plusieurs approches de recherche autour de deux axes majeurs. L’IMA est un accident vasculaire de l’intestin dont la mortalité demeure environ six fois supérieure à celle de l’infarctus du myocarde, en raison de grandes difficultés diagnostiques et de l’absence de traitement spécifique. Ce projet, au cœur des pathologies cardio-vasculaires, digestives et d’urgence, est porté par une équipe leader internationale dirigée par les Pr Corcos et Nuzzo (AP-HP, Inserm U1148 LVTS), labellisée FHU TSUNAMI (Towards Strategies for Unmet Needs in Acute Mesenteric Ischemia) en Île-de-France pour 2025–2030.Nous recrutons un·e ingénieur de recherche pour ce projet innovant, combinant plusieurs approches de recherche autour de deux axes majeurs :
1. DÉVELOPPEMENT DE BIOMARQUEURS DIAGNOSTIQUES POUR L’ISCHÉMIE MÉSENTÉRIQUE
• Exploitation d’une biobanque de sang humain.
• Validation de données métabolomiques existantes et acquisition de nouvelles données protéomiques.
• Analyses intégrées et évaluation de leur valeur pronostique et thérapeutique.
• Développement de pipelines bioinformatiques pour intégrer des données multi-omiques (protéomique, métabolomique).
• Interaction avec nos collaborateurs pour dévelloper les outils de machine learning pour entraîner et comparer différents modèles (régressionæ logistique, Random Forest, SVM, réseaux de neurones, etc.) afin d’identifier les meilleures combinaisons de biomarqueurs à usage clinique.
2. IDENTIFICATION ET ÉVALUATION DE NOUVELLES CIBLES THÉRAPEUTIQUES
• Étude des mécanismes de la thrombo-inflammation dans un modèle murin d’ischémie-reperfusion mésentérique.
• Analyse du rôle du microbiote intestinal et des traitements antibiotiques.
• Profilage métabolique du microbiote par LC-MS et intégration des données obtenues.
Le cantidat travaillera en autonomie au sein du LVTS, en collaboration avec des ingénieurs et chercheurs dans le secteur d’activité concerné.
ACTIVITÉS PRINCIPALES:
• Participer aux analyses computationnelles et à l’intégration de données multi-échelles (Protéomique, métabolomique, microbiome).
• Développer des pipelines bioinformatiques pour la fusion des données multi-omiques.
• Réaliser des analyses statistiques avancées et des modèles de machine learning pour optimiser la précision diagnostique et la traduction en pratique clinique.
• Contribuer à l’analyse des données sur le microbiote et leur interprétation physiopathologique.
• Collaborer avec les partenaires expérimentaux pour valider les résultats in silico et guider les expériences fonctionnelles.
Profil recherché :
ACTIVITÉSASSOCIÉES
• Etablir une documentation claire et reproductible des analyses
• Participer aux réunions d’équipe
• Participer à la rédaction de compte-rendu et d’article scientifique
• Traiter et analyser les données, mettre en forme les résultats pour leurs présentations.
• Rédiger des rapports d'expériences ou d'études, des protocoles et notes techniques. Former des personnels aux méthodologies associées au projet.
CONNAISSANCES :
• Connaissances en modélisation statistique et/ou apprentissage machine.
• Connaissances en analyse de données métabolomique et protéomique.
• Connaissance des bases de données biologiques (Ensembl, NCBI, etc.).
SAVOIR-FAIRE:
• Maîtrise de Python et/ou R pour l’analyse statistique et l’intégration multi-omique.
• Aisance et capacité à travailler dans un environnement collaboratif multidisciplinaire et excellente capacité de communication scientifique.
• Maîtrise de l’anglais écrit et parlé
APTITUDES:
• Bon relationnel.
• Travail d’équipe.
• Autonomie.
• Rigueur.
EXPÉRIENCE(S) SOUHAITÉ(S):
• Expérience en programmation scientifique
• Expérience en analyse et traitement de données
• Expérience dans le développement et l’utilisation de pipelines bioinformatiques
• Compétences en analyse statistique et visualisation de données
• Capacité à travailler en équipe multidisciplinaire et à vulgariser des résultats complexes
NIVEAU DE DIPLÔME ET FORMATION(S):
• Doctorat Bio-informatique
DATE DE PRISE DE FONCTION:
01/09/2026
DURÉE:
12 mois Renouvelable
TEMPS DE TRAVAIL:
Temps plein
• 38 h 30 hebdomadaires
• 32 Congés Annuels et 12 RTT par année civile
ACTIVITÉS NON TÉLÉTRAVAILLABLES :
RÉMUNÉRATION:
2985.82 € brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.
CONTACT:
Envoyer CV et lettre de motivation et précisez vos prétentions salariales.
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