Les activités humaines contribuent à l’augmentation de la pollution des milieux et aux stress sur les communautés qui y sont associés. Ces pressions entraînent des répercussions dramatiques à la fois sur la biodiversité et sur les dynamiques de transmission des maladies infectieuses, y compris zoonotiques. En effet, des processus écologiques complexes lient la biodiversité, les stress écosystémiques, la physiologie des hôtes et la circulation des pathogènes, avec des effets variables selon les espèces qui interagissent dans ces milieux perturbés. Une perturbation écosystémique donnée peut, selon le contexte, freiner ou au contraire favoriser la transmission parasitaire.
Cette thèse visera à explorer dans quelle mesure certaines pressions anthropiques, notamment la pollution des milieux aquatiques, sélectionnent des espèces ou des populations d’hôtes plus tolérantes aux polluants, mais potentiellement plus sensibles aux infections parasitaires. Une hypothèse éco-évolutive centrale postulera l'existence d'un compromis évolutif entre la tolérance/résistance aux polluants et l'efficacité de la réponse immunitaire. Nous chercherons ainsi à répondre à la question suivante : l’utilisation de polluants favorise-t-elle l’émergence d’hôtes hautement tolérants aux polluants, mais plus permissifs vis-à-vis des parasites ?
Nous répondrons à cette question en focalisant sur les interactions entre mollusques gastéropodes d’eau douce et les trématodes en Camargue, une région riche en zones humides et soumise à une pression anthropique croissante. Ces organismes sont particulièrement pertinents dans le contexte de cette thèse car : i. les milieux aquatiques d’eau douce sont des réceptacles de nombreuses substances chimiques par lessivage et drainage des sols et des eaux contaminées ; ii. Les mollusques aquatiques sont capables d’accumuler une quantité importante de polluants par rapport à la plupart des invertébrés (3,4) notamment grâce à des voies de détoxifications complexes donc potentiellement couteuse d’un point de vue énergétique (5,6). ; iii. Ces organismes sont hôtes intermédiaires de nombreux parasites et notamment des trématodes (7). D’autre part, des études empiriques ont déjà mis en évidence des effets immunotoxicologiques de plusieurs polluants d’origine anthropique sur plusieurs espèces de mollusques aquatique, ce qui suggère des liens entre certains polluants et les voies de régulations des fonctions immunitaires chez ces organismes. Ensemble ces éléments supportent l’hypothèse centrale formulée dans le cadre de cette thèse. Pour tester cette hypothèse, le projet intégrera des approches de terrain, d’expérience en milieu contrôlé et des approches fonctionnelles.
Cette thèse s'intègre dans le contexte 'Une seule santé’ qui reconnaît l'interdépendance entre la santé humaine, animale et environnementale. De fait, cette thèse permettra d’établir un état des lieux des milieux aquatiques de Camargue en terme biotique (communautés de mollusques, de vertébrés et de trématodes) et abiotiques (quantification de la pression exercée par les polluants phytosanitaires, pharmaceutiques, industriels). D’autre part, elle permettra également de mieux comprendre les mécanismes qui lient la santé de ces écosystèmes aquatiques et les risques de transmission de maladies infectieuses humaines et animales localement par le prisme de l’écologie évolutive.
Contexte de travail
La thèse s’effectuera majoritairement au laboratoire IHPE sur le site de Perpignan au sein du campus de l’Université de Perpignan Via Domitia (UPVD). Cette unité est composée de personnels affiliés à l’UPVD, le CNRS, L’IFREMER et l’Université de Montpellier. Ce laboratoire s’intéresse aux interactions entre les hôtes, les pathogènes et l’environnement depuis les molécules jusqu’aux écosystèmes. Il se structure en 3 équipes en fortes interactions les unes entre elles. La personne recrutée sera intégrée au sein de l’équipe MIA à laquelle est rattaché Olivier Rey mais participera également aux réunions de l’équipe 2MAP à laquelle est rattaché Annia Alba Menendez co-encadrante de la thèse. Au cours de cette thèse, la personne recrutée aura accès aux différentes infrastructures du laboratoire IHPE (plateforme de biologie moléculaire, animalerie invertébré), et aux services de la plateforme BioEnvironnement de l’UPVD. Des missions à court/moyens termes seront nécessaire pour assurer les suivis de terrain en Camargue. Ce projet de thèse est environné et s’inscrit dans le projet ZOOCAM (PEPR PREZODE 2024-2029).
L'encadrement sera réalisé par des réunions hebdomadaires avec le ou la doctorante ainsi que lors des participations aux réunions d'équipe bihebdomadaires également. Il ou elle participera également aux « Doctoriales », réunion scientifique de l’UMR 5244 dédiée aux doctorants de l’unité qui présentent l’avancée de leurs travaux de thèse devant l’ensemble des membres de notre laboratoire. Il ou elle aura également l'opportunité de présenter ses travaux de recherche lors de réunions du projet PEPR ZOOCAM qui regroupe plusieurs partenaires travaillant ensemble sur les problématiques de la circulation des parasites zoonotiques en Camargue. Enfin, chaque année le doctorant H/F aura également à organiser son CSI avec rapport renvoyé à l'ED305 UPVD.
Contraintes et risques
Notre laboratoire est composé de 2 sites (Perpignan et Montpellier) et des déplacements entre sites sont prévus.
La thèse impliquera des expériences dans l’animalerie invertébré (molluscarium), classé laboratoire de niveau de confinement P2, en raison de la manipulation de pathogènes modérément dangereux pour l’homme, la faune, la flore ou l’environnement (e.g. Fasciola hepatica, Schistosoma sp.). Ces agents biologiques ne présentent pas de danger grave pour des adultes en bonne santé, et des mesures de prévention et de traitement efficaces existent. Le respect des protocoles de biosécurité et des règles d’hygiène est impératif.
Cette thèse inclut également la manipulation de certains polluants dans le cadre des expérimentations, selon des protocoles stricts garantissant la sécurité de la personne et de l’environnement. Le doctorant H/F sera formé et aidé par le personnel en charge des élevages des organismes invertébrés au laboratoire tout au long de la thèse.
Concernant les travaux de terrain, des déplacements ponctuels sont à prévoir en Camargue. Ces sorties peuvent entraîner des contraintes horaires (départs tôt le matin, retours tardifs) et des hébergements sur place temporaires pour limiter les trajets. Dans ce contexte, il est également important de suivre impérativement les règles d’hygiène et de sécurité liés à ces travaux sur le terrain. Le doctorant H/F sera également formé aux bonnes pratiques afin de limiter les risques associés aux missions de terrain.
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