Ingénieur en bioinformatique pour le développement de la plateforme microscope h/f

Informations générales Entité de rattachement Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat. Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale. Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs. Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international. Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales : • La conscience des responsabilités • La coopération • La curiosité Référence 2026-40094 Description de la Direction La Direction de la Recherche Fondamentale (DRF) du CEA réunit plus de 5000 personnes sur quatre sites et mène des recherches en sciences physiques, chimiques, biologiques et environnementales, en utilisant des technologies de pointe. Description de l'unité L'institut JACOB regroupe plusieurs départements dont le Genoscope et le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH) situés à Evry. Ces départements mènent des projets de recherche propres et produisent des données de séquençage à haut-débit pour des projets collaboratifs hautement compétitifs. Le Genoscope mène des projets de génomique environnementale pour l'exploration de la biodiversité. Après avoir participé au Projet Génome Humain, c'est un acteur majeur de la génomique en France, notamment dans le développement de techniques de séquençage massif d'ADN et d'analyses bioinformatiques. Le Genoscope est implanté à Evry (91), 30 km au sud de Paris. Domaine Sciences du vivant Contrat CDD Intitulé de l'offre Ingénieur en bioinformatique pour le développement de la plateforme MicroScope H/F Statut du poste Cadre Durée du contrat (en mois) 12 Description de l'offre Localisé au CEA/Genoscope, un centre de recherche scientifique dédié à la génomique environnementale, le Laboratoire d’Analyses Bioinformatiques pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM, UMR8030, labgem.genoscope.cns.fr ) s’intéresse à l’analyse et à l’exploration de la diversité des microorganismes et de leur métabolisme. Dans ce cadre, notre équipe a développé une expertise très pointue dans le domaine de l’annotation et de l’analyse comparée de génomes microbiens notamment à travers la plateforme MicroScope (mage.genoscope.cns.fr/microscope ). La plateforme MicroScope est utilisée par une large communauté de microbiologistes en France et à l’international (plus de 7 000 comptes utilisateurs) et contient près de 25 000 génomes dans son instance principale. Elle est membre de l’IFB (Institut Français de Bioinformatique, www.france-bioinformatique.fr). Le domaine connaît plusieurs évolutions majeures: annotation de milliers de génomes, analyses métagénomiques et pangénomiques, données FAIR, etc. Ces évolutions posent des défis en matière de méthodes d’analyse, de calcul et de stockage. La plateforme MicroScope doit donc continuellement être améliorée : ajout de nouvelles fonctionnalités, amélioration des interfaces web, mise à niveau de logiciels, etc. Dans cet objectif, nous recherchons un.e ingénieur.e bioinformaticien.ne qui s’intégrera dans l’équipe de développement de la plateforme. Participation aux développements et à l’évolution fonctionnelle de la plateforme MicroScope. Activités · Conception de pipelines d’analyse : comparaison d’outils et évaluation de la pertinence des résultats. · Intégration et maintenance des pipelines dans la plateforme : déploiement des outils et développement de workflows, bases de données et interfaces web. Profil du candidat Ingénieur en bioinformatique (avec une composante développement) possédant des compétences dans les domaines suivants : · Bioinformatique · Environnement Linux : scripting, conda/apptainer, calcul sur cluster · Programmation Python, développement Web, conception de bases de données SQL · Bonnes connaissances en génomique. Des connaissances en microbiologie seraient appréciées. Expérience souhaitée : première expérience si possible mais non indispensable. Site Fontenay-aux-Roses Localisation du poste France, Ile-de-France, Essonne (91) Ville EVRY Critères candidat Langues Anglais (Intermédiaire) Formation recommandée Ingénieur en bioinformatique Disponibilité du poste 08/06/2026