Chargé d'études scientifiques - surveillance moléculaire de la biodiversité (f/h)

Vos missions en quelques mots La personne recrutée aura pour missions principales : (i) L’accompagnement logistique du déploiement du dispositif de surveillance auprès des collaborateurs impliqués sur les sites existants et de nouveaux sites en France et à l’outre-mer. (ii) Le suivi de ce déploiement et l’approvisionnement des sites en matériel et consommables pour la mise en œuvre de ces dispositifs. (iii) Le traitement des échantillons issus du déploiement passé et en cours des dispositifs de surveillance par pièges Malaise. Il s’agira de réaliser des expérimentations allant du tri et de la préparation des échantillons collectés, leur conditionnement et stockage, à l’extraction de l’ADN et à leur préparation pour séquençage haut-débit auprès d’un sous-traitant. (iv) Partager les résultats des analyses de metabarcoding avec les acteurs impliqués dans la mise en œuvre du dispositif de surveillance. (v) Contribuer à l’élaboration et tester de nouvelles méthodes et de nouveaux protocoles visant à optimiser le dispositif de surveillance déployé et à répondre aux besoins opérationnels déjà mis en évidence. Il pourra s’agir d’améliorer certains aspects logistiques (ex. conditionnement et gestion des échantillons) ou expérimentaux (protocoles d’extraction d’ADN par ex.), ou encore de participer à l’adaptation de dispositifs de surveillance complémentaires et des protocoles dédiés, en réalisant des expérimentations incluant la mise en œuvre et le suivi des dispositifs sur le terrain, le recueil des échantillons, leur préparation, leur conditionnement et leur stockage, ainsi que leur traitement en laboratoire depuis l’extraction de l’ADN jusqu’à la construction au laboratoire des librairies métagénomiques et leur séquençage (MinION (en interne) et/ou Illumina (sous-traitance)). Les indicateurs d’évaluation et les livrables attendus : Il est attendu une gestion efficace des échantillons depuis leur collecte/réception jusqu’à leur stockage, en passant par leur traitement expérimental en laboratoire. La personne recrutée travaillera en étroite collaboration avec les porteurs et collaborateurs du projet afin d’assurer un suivi précis des avancées de l’échantillonnage, du traitement des échantillons et de leur stockage. Il est attendu que ce travail amènera à la production de données métagénomiques pour les échantillons relevant des missions exposées plus haut. Une participation à l’analyse et à l’interprétation des résultats obtenus est également souhaitée et mènera la personne recrutée à participer à la publication des résultats dans des revues scientifiques internationales, en appui à l’équipe porteuse et aux collaborateurs du projet. Profil recherché La/le candidat(e) recherché(e) devra : Être titulaire d’un diplôme de niveau master ou équivalent en sciences de la biodiversité ; il peut s’agir d’une formation dédiée à la biologie moléculaire dans un contexte de génétique ou de génomique environnementale, ou plus largement de formations en écologie ou en biologie évolutive avec une composante importante consacrée à l’utilisation des outils moléculaires. En conséquence la/le candidat(e) devra pouvoir faire preuve de connaissances théoriques et pratiques solides en biologie moléculaire et en génétique/génomique. Démontrer une expérience de laboratoire en biologie moléculaire et une maîtrise forte, en autonomie, des protocoles classiques d’extraction et d’amplification des acides nucléiques (ADN, ARN), mais également pour la préparation de librairies NGS, notamment les approches de multiplexage des échantillons. Posséder le permis de conduire (permis B) afin de pouvoir réaliser des déplacements occasionnels sur les sites de déploiement. Seront également particulièrement appréciées : Une expertise avérée dans l’utilisation des approches moléculaires (barcoding, metabarcoding) pour la caractérisation des espèces et des communautés d’espèces ; Des compétences dans l’utilisation des outils d’analyse de séquences ADN issus des séquenceurs haut-débit (nettoyage, démultiplexage, assemblage de contigs, etc.) et de statistiques. Une expérience dans le domaine de l’entomologie et un intérêt particulier pour cette discipline. La démonstration de très bonnes qualités relationnelles et d’une expérience dans les interactions avec des acteurs de terrain pour pouvoir expliquer les protocoles et les objectifs de l’étude et contribuer à leur implication, notamment pour la poursuite du déploiement de ces dispositifs de surveillance. Localisation Localisation : 45 Rue Buffon 75005 Paris Flèche gauche : déplacer la carte vers la gauche Flèche droite : déplacer la carte vers la droite Flèche bas : déplacer la carte vers le bas Flèche haut : déplacer la carte vers le haut