Mission
Le stage s'appuie sur des jeux de données déjà obtenues au laboratoire à la fois 1) de transcriptomique spatiale (MERFISH), technologie basée sur l'imagerie et l'hybridation in situ (panel de gènes) et 2) de jeux de données single-cell RNA-seq murin couvrant l'ensemble du transcriptome est disponible. L'intégration de ces jeux de données permettra d'associer l'information spatiale obtenue par MERFISH avec les profils d'expression obtenus par single-cell RNA-seq. Ces données ont été générées à partir d'un modèle de souris irradiées localement au niveau de la zone colorectale par une dose unique de 26 Gy ou des doses fractionnées (3 × 15 Gy), reproduisant des lésions aiguës (2 semaines post-irradiation) et tardives (12 semaines post-irradiation), comparables à celles observées chez les patients qui développent des séquelles sévères après radiothérapie.
Travail demandé :
« Neighborhood analysis » : quantification des voisinages cellulaires, identification des niches, visualisation, clustering et mise en évidence des structures associées aux processus inflammatoires et à la cicatrisation épithéliale.
Imputation : enrichissement des données de transcriptomique spatiale (MERFISH) avec l'expression transcriptomique complète (scRNA-seq) pour l'analyse des interactions cellule-cellule.
Profil recherché
Master en bio-informatique,
- Programmation R et Python
- Analyse de données single-cell RNA-seq et transcriptomique spatiale
- Des notions en Machine Learning et Deep Learning pour comprendre les algorithmes d'imputation et de voisinage seraient un plus
Télétravail
Occasionnel
Diversité
La diversité est une des composantes de la politique RSE, RH et Qualité de Vie au Travail à lASNR.
Nous accordons la même considération à toutes les candidatures, sans discrimination, pour inclure tous les talents.
Quelles que soient les différences, nous souhaitons attirer, intégrer et fidéliser nos candidats et nos collaborateurs au sein dun environnement de travail inclusif.
L'ASNR conduit une politique active depuis de nombreuses années en faveur de l'égalité des chances au travail et l'emploi des personnes handicapées. Si vous êtes en situation de handicap, n'hésitez pas à nous faire part de vos éventuels besoins spécifiques afin que nous puissions les prendre en compte.
Localisation du poste
Localisation du poste
Europe, France, Ile-de-France, Hauts-de-Seine
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