Immun4Cure (I4C) est un institut hospitalo-universitaire (IHU) dont l'objectif est de développer de nouvelles thérapies innovantes pour lutter contre les maladies auto-immunes. Le projet repose sur un volet clinique important, comprenant différentes cohortes de patients atteints de maladies auto-immunes telles que le lupus, l'arthrite rhumatoïde ou la sclérodermie. Par ailleurs, I4C mène également des recherches fondamentales axées sur l'auto-immunité, centrées sur les pathologies cliniques visées. Les travaux de recherche impliquent l'utilisation de technologies de génomique à haut débit, générant des données volumineuses et complexes, acquises via diverses modalités : transcriptomique, protéomique, séquençage de l'ADN, imagerie. Les technologies employées sont parmi les plus avancées, telles que la séquençage en cellules uniques, la biologie spatiale, l'imagerie, le séquençage Illumina, y compris en long reads.
Responsabilités principales :
* Développer des scripts pour implémenter les pipelines génomiques et transcriptomiques
* Gérer les versions de ces scripts
* Développer des progiciels et programmer pour l'exploitation des données biologiques et médicales
* Former les personnes aux techniques et procédures de son domaine
* Paramétrer les outils, logiciels et systèmes liés à son domaine d’activité
* Participer aux publications scientifiques et médicales, en interne ou externe
* Traiter et analyser les données médicales et biologiques : extraction, regroupement, représentation graphique
* Assurer une veille professionnelle
* Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports, brevets, publications, présentations
* Analyser les données OMICS (génomique et transcriptomique)
Profil recherché :
* Esprit d'équipe, sens de l'initiative, adaptabilité, rigueur, précision
* Compétences en bioinformatique, méthodes agiles, programmation en Python, requêtes SQL et gestion de bases de données
* Familiarité avec un système de workflow bio-informatique (ex : Nextflow)
* Expérience en environnement de production
* Bonne culture générale en bio-informatique avec expérience sur plusieurs types de données
* Interaction forte avec des bio-informaticiens spécialisés
* Capacité à travailler en équipe et à s'intégrer avec le gestionnaire du système de base de données relationnel
Autres détails :
* Forte interaction avec des spécialistes en bio-informatique
* Environnement dynamique et innovant au sein du CHU de Montpellier
Lieu : 191 Av. du Doyen Gaston Giraud, 34295 Montpellier, France
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