Ingénieur d'études en bioinformatique (h/f)

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Ingénieur d'études en Bioinformatique (H/F)


Date Limite Candidature : mercredi 2 juillet 2025 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'études en Bioinformatique (H/F)
Référence : UMR5284-FABLEG-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LYON 08
Date de publication : mercredi 11 juin 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 16 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : A partir de 2491 € brut mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+3/4
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données


Missions

L'IE en bioinformatique travaillera en soutien d'un projet visant à évaluer les changements cellulaires de la dystrophie musculaire de Duchenne. L'agent traitera et analysera des données obtenues en RNA-seq sur noyaux uniques. Il/elle établira les liste de gènes différentiellement exprimés entre cellules saines et dystrophiques.


Activités

● Définir, en interaction avec les biologistes, le plan d'analyse et l'interprétation des données
● Réaliser les projets d'analyses de données biologiques du laboratoire, en utilisant les outils actuels de bioinformatique
● Identifier, concevoir et développer les outils informatiques adaptés aux problématiques de l’équipe ou des collaborations permettant d'exploiter les données obtenues


Compétences

● Avoir eu une première expérience en analyses omiques ou multiomiques (Bulk RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, single cell/nuclei, etc.)
● Maîtriser les éléments de langages propres à la bioinformatique pour permettre une bonne communication avec les biologistes/techniciens/hors milieu de la bioinformatique
● Maîtriser les aspects basiques de la bioinformatique (contrôle-qualité du séquençage, contrôle-qualité de l’alignement contre une référence, savoir rechercher une information dans des fichiers de séquençage ou d’alignements)
● Maîtriser les bonnes pratiques de la visualisation de l’information
● Connaître et savoir différencier les techniques de comptages de reads en sortie d’alignement
● Maîtriser au moins un outil d’analyses différentiels (DESeq2, limma et, ou edgeR)
● Maîtriser au moins un outil d’alignement contre une référence (STAR, Bowtie2, BWA)


Contexte de travail

Vous travaillerez au sein de l'unité MeLiS (Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS 5284 INSERM 1314) située dans la faculté de Médecine et de pharmacie de Rockefeller, dans l'équipe de Marcelle-LeGrand.
Les équipes MeLiS s'intéressent aux mécanismes moléculaires opérant dans une variété de compartiments cellulaires, dans les cils, les membranes, les axones, synapses et circuits, avec un accent particulier sur les cellules neuronales et musculaires.
Nous étudions un éventail de processus biologiques et leurs altérations dans les maladies humaines affectant les organismes en développement, adultes et vieillissants.

Pour plus d’information sur l’équipe de recherche de Marcelle-LeGrand (Formation, croissance et réparation du muscle) que vous intégrerez : https://inmg.fr/melis/fr/team_marcelle.php

En intégrant le CNRS, voici ce que nous vous proposons :
• Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
• 44 jours de congés / RTT par an
• D'excellentes conditions de travail (horaires flexibles, télétravail)
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an


Contraintes et risques

N/A

#J-18808-Ljbffr