Post-doctorat : microbiologie des altérations alimentaires et outils moléculaires innovants

Vos missions en quelques mots Description du sujet Les flores d’altération des aliments sont à l’origine d’accidents de fabrication (modification de la couleur des aliments, de l’odeur, du goût, de la texture, gonflements des emballages, etc.), les rendant impropres à la consommation, et constituant un facteur limitant majeur de la durée de vie commerciale des produits alimentaires. Depuis début 2023, cette notion de denrées impropre est renforcée en France par le Guide de gestion des alertes alimentaires qui prévoit désormais une notification des produits impropres à la consommation. En se développant sur les denrées alimentaires, les flores d’altération vont donc provoquer des pertes considérables dans l’industrie agroalimentaire (gaspillage alimentaire, impact économique, impact écologique, perte de compétitivité). En Europe, on estime à 30 % la part de production alimentaire gâchée, dont 25% seraient attribués à l’altération microbiologique. Le phénomène est accentué par la tendance Clean Label Greener Biocide, la réduction et recyclabilité des emballages, la réduction de sel. Actuellement, il existe très peu de méthodes normalisées pour identifier l’organisme responsable de l’altération et surveiller les procédés. Il n’existe pas non plus d’offre adaptée à chaque niveau de besoin et peu ou pas d’accompagnement pour les industriels de l’agroalimentaire : qualification du problème, identification des altérants, accompagnement jusqu'à la mise en place de moyens de maîtrise adaptés (challenge tests, validation procédés). Le projet SpoiLog vise à développer une base de données numérique, ergonomique, multi-filières pour guider les industriels dans la maîtrise des problématiques liées aux flores d’altération, à générer de nouvelles données expérimentales, à identifier les techniques de séquençages les plus appropriées aux enjeux de l'altération et à développer une méthode d'investigation agile à l'attention des industriels de l'agroalimentaire pour la maîtrise des problématiques liées aux flores microbiennes d’altération dans les aliments classiques et innovants (à base de protéines végétales). Dans le cadre du projet SpoiLog, nous recrutons un.e post doctorant.e au sein de l’UMR SecAlim 1014 INRAE-Oniris, dont la mission sera de générer de nouvelles données expérimentales sur la caractérisation des flores d’altération pour des matrices actuellement peu documentées (conventionnelles & alternatives végétales). Ces nouvelles données viendront alimenter et consolider la base de données SpoiLog nouvellement créée. Pour ce faire, il/elle mettra en œuvre des outils de microbiologie classique et également développera des outils innovants de microbiologie moléculaire (full length 16S / ITS metabarcoding) ainsi que des méthodes de quantification des populations bactériennes et fongiques altérantes (qPCR / PMA-qPCR). Le/la post-doctorant·e jouera un rôle clé dans la structuration d’un outil inédit en France pour la prévention des altérations microbiologiques. Profil recherché Titulaire d'un doctorat en microbiologie alimentaire ou écologie microbienne ou assimilé, la personne recrutée devra justifier de compétences solides en microbiologie et en écologie microbienne des aliments ainsi que dans les domaines de la génomique, de la génétique microbienne et de la bio-informatique, et éventuellement des méthodes statistiques appliquées à l’analyse des communautés et de leurs interactions. Des connaissances sur les filières de production et les procédés de transformation alimentaires ainsi que sur les problématiques liées à l’altération microbiologique des aliments seront appréciées. Le/la candidat.e devra également avoir des compétences transverses (gestion de projet, communication, travail en équipe, collaboration, maitrise de l’anglais, capacités rédactionnelles et organisationnelles). Son parcours (doctoral, post-doctoral) permettra de démontrer son intérêt pour la recherche finalisée, son autonomie, son adaptabilité et sa polyvalence, ainsi que sa capacité à développer un réseau de collaborations nationales et internationales. Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Éléments de candidature Personnes à contacter emmanuel.jaffres@oniris-nantes.fr boris.misery@oniris-nantes.fr