Rattaché à l’équipe bioinformatique de l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité, la personne recrutée s’appuiera sur les analyses de données de séquençage et sur un environnement déjà en place (gitlab, slurm, linux). Elle sera impliquée dans la conception et le développement d’une base de données relationnelle partagée par plusieurs unités. Outre sa capacité à gérer différents virus et leurs métadonnées associées, elle fera l’objet de mises à jour automatiques régulières et disposera d’interfaces web conviviales pour son utilisation (django). Elle permettra également la génération automatique de rapports pdf, de pages web de visualisation de métadonnées sur une carte, ainsi que l’alimentation automatisée d’une instance Nextstrain. Composant majeur attendu, elle permettra d’étendre la portée de l’automatisation de nos analyses, en en facilitant en outre le partage.
Votre quotidien
Activité 1 : 10%
* Conception d’une base de données de virus répondant au cahier des charges des laboratoires de référence.
Activité 2 : 80%
* Développement de la base de données, des formulaires et/ou scripts d’import, des interfaces web (django).
* Automatisation de sa mise à jour avec des séquences de banques de données publiques. Génération de page web de visualisation de metadonnées sur une carte. Export automatique vers une instance Nextstrain.
Activité 3 : 10%
* Bibliographie, création de la documentation et formation des utilisateurs.
Conditions particulières :
Vous travaillerez en laboratoire P2+.
Formation et expérience requises :
* De formation bioinformatique Bac+5 (Bac+3 minimum), vous avez un goût prononcé pour le développement et avez des connaissances biologiques générales.
Compétences :
* Programmation en Python, Django, (Snakemake)
* Connaissances de SQL, conda/mamba, git et gitlab, singularity idéalement
* Des connaissances en génomique virale seraient un plus
* Une connaissance préalable des outils bioinformatiques et des méthodes de traitement des données issues de séquençages haut débit serait un plus.
* Bonne maîtrise de l’anglais technique lu, écrit, parlé
* Maîtrise des environnements Linux/Unix
* Travail en équipe indispensable (intra équipe et inter équipes)
* Qualités requises : grande autonomie, organisation, rigueur, capacité d’interaction avec le collectif
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