Chercheur.e en bio-analyse et génomique comparative du palmier à huile
Au sein du Cirad, l'UMR AGAP Institut, « Amélioration Génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales » met en synergie une grande diversité de compétences et de ressources pour développer/sélectionner en partenariat des plantes cultivées mieux adaptées à des agrosystèmes variés, notamment par ses recherches en génétique et génomique en appui à la sélection assistée par marqueurs, ceci dans le contexte de l'adaptation au changement climatique.
L'UMR AGAP Institut conduit un projet de recherche génomique du palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.) intitulé OPGP- GeneExpress, financé par un consortium international "Oil Palm Genome Projects (OPGP)" rassemblant 14 partenaires publics ou privés de la filière R&D du palmier à huile. Ce projet est en appui à une sélection assistée par marqueurs intra- ou interspécifique du palmier à huile qui contribue à une culture plus éco-responsable de cette plante oléagineuse tropicale.
Dans le contexte de ce projet, le collectif Génome et Sélection des plantes Pérennes (GSP) de l'UMR AGAP Institut à Montpellier recrute un.e chercheur.e en bio-analyse et génomique comparative du palmier à huile, en appui à la sélection assistée par marqueurs du palmier à huile. Il a pour objectif principal de spécifier et de comparer la structure et l'annotation de séquences de génomes entiers Elaeis clés, en connectant cette information à celle de cartographies de liaison, de QTL/gènes d'intérêt agronomique et de données phénotypiques du projet. Il a également pour objectifs de caractériser la diversité de l'exome de régions à QTL d'intérêt et de caractériser le polymorphisme de séquences génomiques de gènes de résistance et de régulateurs associés à la résistance/sensibilité aux maladies.
En liaison avec le coordinateur du projet et sous la supervision du chercheur bio-analyste de l'équipe GSP, vous serez en charge des activités suivantes :
. Assemblage et annotation de génomes clés d'Elaeis (- 1.8 Gb)
. Comparaison des structures et annotation des génomes entiers Elaeis
. Etablissement d'un catalogue des variants (SNP, Del indel, etc.) des génomes Elaeis comparés
. Analyse de séquences de régions QTL sur un panel de diversité génétique du genre Elaeis
. Définition d'un répertoire des gènes de résistance aux maladies
. Conception des cibles de séquençage par capture pour les régions à QTL et les gènes de résistance aux maladies
. Analyse de séquences de capture-séquençage de l'exome de régions à QTL et de séquences génomiques de gènes et de régulateurs associés à la résistance ou à la sensibilité aux maladies
. Amélioration d'un « Palm Genome Hub » et visualisation pour extraction des données omics du projet
. Transfert et valorisation des résultats aux partenaires du projets
Profil souhaité
Titulaire d'un doctorat en génétique avec une spécialité sur la pangénomique, la génomique comparative, l'étude des variations structurales et l'annotation des génomes
Deux années de post-doc ou d'expérience professionnelle réussies sont souhaitées et seraient un plus, sans être impératives.
Compétences et savoir-faire indispensables :
. Compétences en bio-informatique et analyse comparative de séquences entières de génomes, et sur l'étude fine de régions d'intérêt (QTLs) à l'échelle des gènes et de leurs régions régulatrices.
. Compétences en analyse d'orthologie pour étudier la dynamique des familles de gènes dans le genre Elaeis
. Maîtrise des outils d'analyse des variations structurales locales (SNP/INDELS) et de plus grande taille (PAV, CNV, inversions, translocations)
. Maîtrise de la programmation dans le domaine bio-informatique (python, bash) et de l'utilisation de cluster de calcul (SLURM)
. Bonnes capacités d'expression orale et de rédaction scientifique en anglais
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