Nous recherchons un chercheur (H/F) hautement motivé, disposant d'une solide expérience en biologie structurale computationnelle. Le chercheur (H/F) travaillera au développement d'approches informatiques basées sur l'intelligence artificielle pour la modélisation de structures protéiques et des interactions protéines-ligands (métabolites). En utilisant des modèles moléculaires multi-échelles, le projet vise à prédire les caractéristiques structurales des transporteurs de gibbérellines (GA), une phytohormone clé impliquée dans divers processus de croissance tout au long du cycle de vie des plantes.
Les principaux objectifs seront la prédiction des résidus interagissant aux GA, leur validation par analyses moléculaires, ainsi que l'identification de nouveaux transporteurs de GA sur la base de leurs caractéristiques structurales.
Activités
Activités principales:
-Réaliser des alignements multiples de séquences de transporteurs de plantes à l'aide de profils phylogénétiques.
-Prédire et analyser les structures tridimensionnelles des transporteurs de GA et de leurs complexes à l'aide d'outils de modélisation (AlphaFold2/AF2-Multimer, AF3 Server, DMFold, DeepMSA2, etc.).
-Prédire la position spatiale du ligand GA dans la cavité interne des transporteurs à l'aide d'outils de docking moléculaire (par ex. AutoDock Vina/GNINA, DiffDock ou EquiBind).
-Explorer les déterminants moléculaires et les résidus de liaison impliqués dans la reconnaissance des GA par analyses structurales et visualisation moléculaire (ChimeraX).
-Prédire de nouveaux transporteurs de GA et leur activité directionnelle de transport.
-Travailler de manière autonome et responsable au sein d'une équipe multidisciplinaire.
Activités secondaires:
-Participer au fonctionnement général du laboratoire.
-Contribuer aux réunions d'équipe et à la diffusion des connaissances scientifiques au sein du groupe.
-Collaborer étroitement avec les autres membres du projet pour la validation expérimentale des modèles prédits.
Compétences
-Doctorat en biologie computationnelle, bioinformatique structurale, ou discipline connexe.
-Solides compétences en modélisation structurale des protéines et/ou en étude des interactions protéines-ligands.
-Maîtrise des environnements de travail en ligne de commande (Linux, Bash, Conda, Python).
-Des compétences en dynamique moléculaire, chimie des protéines ou phylogénétique seront considérées comme des atouts majeurs.
-Un intérêt pour l'acquisition de compétences expérimentales (tests in vitro/in planta) sera apprécié.
Contexte de travail
Le poste est rattaché à l'équipe du Dr Patrick Achard au sein de l'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP, UPR2357), en étroite collaboration avec les généticiens et biologistes moléculaires du projet ANR MOVE.
L'IBMP est l'un des plus grands instituts du CNRS dédiés à la biologie végétale, situé sur le campus de l'Esplanade de l'Université de Strasbourg. L'institut conduit des recherches de pointe visant à relever les défis liés à la nutrition, la santé et l'environnement à travers l'étude des processus fondamentaux de la vie des plantes.
Le chercheur (H/F) bénéficiera d'un espace bureau avec ordinateur et d'un environnement technique adapté. L'IBMP est accessible en transport en commun. Stationnement vélo facilité. Restauration administrative sur place.
Le poste est rattaché à l'équipe du Dr Patrick Achard au sein de l'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP, UPR2357), en étroite collaboration avec les généticiens et biologistes moléculaires du projet ANR MOVE.
L'IBMP est l'un des plus grands instituts du CNRS dédiés à la biologie végétale, situé sur le campus de l'Esplanade de l'Université de Strasbourg. L'institut conduit des recherches de pointe visant à relever les défis liés à la nutrition, la santé et l'environnement à travers l'étude des processus fondamentaux de la vie des plantes.
Le chercheur (H/F) bénéficiera d'un espace bureau avec ordinateur et d'un environnement technique adapté. L'IBMP est accessible en transport en commun. Stationnement vélo facilité. Restauration administrative sur place.
Contraintes et risques
Aucun risque particulier.
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