*CONTRAT A DUREE DETERMINEE (CDD) de 9 MOIS*
Vous interviendrez, en collaboration avec différents partenaires, dans le cadre du projet européen Interreg REVALGAE intégrant 9 partenaires de l’arc Atlantique (du Portugal à l’Irlande). En collaboration avec le responsable du projet, vous travaillerez sur la mise en place d’un catalogue des algues invasives et halophiles.
Rattaché(e) au laboratoire de Fougères, unité Toxicologie des contaminants
Votre équipe :
Le laboratoire de Fougères regroupe 65 agents répartis en 4 unités. Il exerce son activité dans les domaines de la sécurité alimentaire, de la médecine vétérinaire et de l’hygiène des aliments. La mission du laboratoire est de contribuer à une meilleure connaissance des bénéfices et des risques associés à l'utilisation des médicaments vétérinaires et des désinfectants par la filière agro-alimentaire. Il analyse également l’effet des antimicrobiens (antibiotiques et biocides) sur l’antibiorésistance et caractérise les dangers toxicologiques associés aux contaminants.
Au sein de ce laboratoire, l’Unité Toxicologie des contaminants est chargée de contribuer à l’évaluation des risques en apportant son expertise dans le domaine de la toxicologie des contaminants. Les activités de recherche s’organisent autour de 2 grands axes :
1. l’évaluation du danger, en particulier génotoxique, de contaminants ou de substances émergentes ainsi que de leurs mélanges, à l’aide de tests in vitro sur cultures cellulaires et in vivo sur rongeurs.
2. En parallèle, les mécanismes d’action impliqués dans la toxicité des composés sont explorés grâce à des approches « omiques » (transcriptomique, protéomique et métabolomique) et des approches d’imagerie cellulaire multiparamétriques et in silico.
L’unité contribue également à la génération de bases de données générées sur différentes thématiques en utilisant la fouille de données.
L’Unité est leader du WP1 du projet Interreg REVALGAE, visant à créer un inventaire des espèces d’algues invasives et halophiles retrouvées dans l’espace Atlantique afin de disposer d’une base de connaissances solide pour la mise en œuvre du projet. Pour ce faire, diverses sources de données mondiales (EMODnet, EASIN, AlgaeBase, GBIF, OBIS), mais aussi les bases de données nationales (par exemple, invasoras.pt), ainsi que la littérature scientifique la plus récente (Pub Med, Scopus, Web of Science) seront consultées. En collaboration avec les autres partenaires, il s’agira de consolider les informations provenant de ces plateformes, afin d’obtenir une vue d'ensemble des espèces à fort impact présentes dans la région atlantique, des endroits où elles prolifèrent et des facteurs susceptibles d'influencer leur distribution et leur niveau de biomasse.
Vous rejoindrez une équipe de 9 d’agents (3 personnes en technique et 6 scientifiques), dont la taille varie en fonction des recrutements de CDD sur des projets de recherches ainsi que des apprentis et des étudiants (thèse, master, bac +3)
Votre quotidien :
Création d’une base de données pour les algues invasives et halophiles de l’espace Atlantique:
* Interroger les bases de données mondiales et nationales
* Interroger la littérature scientifique pour en extraire les informations pertinentes
* Cartographier la présence de ces algues
* Identifier des facteurs influençant leur distribution et biomasse
* Compiler les résultats dans un format consultable par les différents partenaires
Valorisation :
* Fournir des compte-rendus
* Rédiger les délivrables associés
* Participer aux réunions de travail pour le suivi du projet
* Présenter les résultats lors de congrès, colloques ainsi que par publication
Votre profil :
* Bac+5 à BAC+8, master ou doctorat en bioinformatique ou en écologie (minimum Bac+3)
* Formation initiale en écologie, biologie
* Expérience solide en fouille de données (data-mining et/ou text-mining)
* Expérience en création de base de données souhaitée
Compétences :
* Maîtrise des outils et des langages informatiques spécialisés tels que Python
* Autonomie, rigueur, réactivité, sens de l’organisation, force de proposition
* Bonne aptitude à la communication et au travail en équipe
* Bon niveau en anglais souhaité
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