Offre thèse « traits d’histoire de vie, résilience démographique et...

Contexte du recrutement et définition de poste :

Nous cherchons un ou une pour préparer un concours d’école doctorale visant à l’obtention d’une bourse de thèse, sur le sujet « Traits d’histoire de vie, résilience démographique et persistance des hôtes face aux maladies infectieuses émergentes ».

Mots clés :

Résilience démographique, écologie des populations, traits d’histoire de vie, génétique, maladies à enjeu de conservation, chytridiomycose, amphibiens, Batrachochytrium dendrobatidis, grenouille de Darwin.

Résumé du projet :

Les maladies infectieuses peuvent provoquer des déclins et extinctions d’espèces qui nuisent gravement à la biodiversité et au fonctionnement des écosystèmes. Pourtant, certaines espèces persistent après l’émergence de maladies ; comprendre pourquoi est crucial pour améliorer l’évaluation des risques liés à ces maladies et bien prioriser les actions de conservation. L’histoire de vie des hôtes est souvent invoquée comme cadre prédictif utile dans ce contexte, mais beaucoup de mécanismes manquent de validations empiriques.

Cette thèse contribuera à combler ce manque via le système amphibiens–Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), parasite responsable d’une pandémie de chytridiomycose associée à des déclins et extinctions d’espèces. Elle testera comment les traits d’histoire de vie modulent la résilience démographique après l’émergence de chytridiomycose, à deux échelles.

Dans un premier axe à l’échelle interspécifique, en compilant des données à partir de bases déjà existantes sur 60-70 espèces d’amphibiens, on déterminera grâce à des modèles matriciels de population et des simulations d’épidémies, quels traits d’histoire de vie sont les plus importants pour garantir une bonne résilience démographique. Nous faisons l’hypothèse que les espèces à cycle de vie lent récupèrent plus lentement que celles à cycle rapide.

Dans un deuxième axe à l’échelle intraspécifique, nous analyserons chez la grenouille de Darwin (Rhinoderma darwinii), espèce menacée d’extinction, comment le climat, la diversité génétique, l’infection par Bd et l’histoire de vie interagissent pour façonner la persistance (ou non) de différentes populations, notamment via l’existence d’une fécondité compensatoire. On collectera des données génétiques, épidémiologiques, et démographiques, sur 40 populations au Chili sur un gradient climatique grâce à des protocoles de capture/recapture et des analyses biomoléculaires. Les effets directs et indirects de chaque facteur sur la persistance des populations seront estimés dans un modèle de cheminement hiérarchique bayésien.

Au-delà de leur importance fondamentale pour la compréhension des réponses de l’hôte aux maladies infectieuses, les connaissances générées dans ce projet, qu’elles soient démographiques, génétiques, épidémiologiques, contribueront directement à la conservation des amphibiens et notamment à R. darwinii, la seule espèce existante encore de « vocal-sac brooding frog » justifiant son statut d’espèce EDGE.

La lecture de ce document est fortement recommandée si vous souhaitez candidater.

Encadrement:

Francis Raoul (directeur), Hugo Sentenac (co-directeur), Andrés Valenzuela-Sanchez (collaborateur).

Références clés:

Capdevila, P., Stott, I., Beger, M. & Salguero-Gómez, R. Towards a Comparative Framework of Demographic Resilience. Trends in Ecology & Evolution 35, 776–786 (2020).

Valenzuela-Sánchez, A. et al. Interpopulation differences in male reproductive effort drive the population dynamics of a host exposed to an emerging fungal pathogen. Journal of Animal Ecology 91, 308–319 (2022).

De Kort, H. et al. Life history, climate and biogeography interactively affect worldwide genetic diversity of plant and animal populations. Nat Commun 12, 516 (2021).

Valenzuela-Sánchez, A. et al. Localized transmission of an aquatic pathogen drives hidden epidemics and population collapse in a terrestrial host. Nat Ecol Evol 1–10 (2026) souhaitée avant le 7/05/2026 mais contacter Hugo Sentenac si vous souhaitez candidater même après ce délai.

Les dossiers de candidatures complets seront envoyés le 28 mai dernier délai à l’école doctorale. Les candidats sélectionnés seront convoqués, par une lettre reçue le 12 juin, à une audition prévue entre le 30 juin et le 2 juillet 2026 à Besançon.

Profil recherché :

Profil et compétences recherchées chez le ou la devra être titulaire d’un master en écologie, ou équivalent, avec un profil polyvalent (terrain, laboratoire, analyses numériques) et un dossier scolaire comportant au moins une mention AB sur l’une des deux années de Master.


Il devra avoir un fort intérêt pour l’écologie des populations animales, l’éco-épidémologie (écologie des maladies), la biologie de la conservation, ou la génomique.
Il/elle devra montrer une compétence ou a minima une appétence certaine pour les analyses quantitatives sous le logiciel R ou similaire (manipulation de données, modélisation, simulation).
Un bon niveau d’anglais est requis à l’écrit comme à l’oral pour pouvoir communiquer et collaborer avec tous les membres de l’équipe (dont certains ne parlent pas français) et produire des articles scientifiques.
Une expérience préalable de terrain (par exemple de capture-recapture) et/ou de laboratoire en biologie moléculaire, et/ou des analyses statistiques dans un cadre bayésien, serait un atout.