Ingénieure-e en bioinformatique et génomique

Ingénieure-e en bioinformatique et génomique

Rejoignez-nous pour postuler au poste de Ingénieure-e en bioinformatique et génomique chez INRAE.


Présentation d'INRAE

INRAE, l'Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche regroupant 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties dans 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé dans l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.


Environnement de travail, missions et activités

L’Unité Mixte de Recherche en Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), associant INRAE et l’université de Tours, comprend 10 équipes de recherche visant à prévenir et guérir les maladies infectieuses chez les animaux d’élevage et chez l’Homme. L’unité couvre la bactériologie, la virologie, la parasitologie, ainsi que l’immunologie, la biologie cellulaire et moléculaire. L’objectif est de mieux connaître les agents pathogènes, leur résistance et les mécanismes d’infection.

L’équipe « Plasticité Génomique Biodiversité Antibiorésistance » étudie la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries Gram négatif ainsi que la diversité et l’évolution de mycobactéries pathogènes animales, via l’analyse de la plasticité et de l’évolution des génomes bactériens. D’autres équipes peuvent également requérir des conseils méthodologiques.

En tant qu’Ingénieure-e en bioinformatique et génomique comparée bactérienne, vous serez responsable des analyses génomiques dans divers projets. Vous collaborerez directement avec les chercheurs pour définir les méthodologies de séquençage haut-débit, et vous assurerez la gestion FAIR des données omiques produites. Vous déployerez des outils bioinformatiques pour l’analyse comparative, la qualité des données, l’assemblage, l’annotation, la phylogénomique et les analyses multivariées. Vous assurerez également une veille scientifique et technologique, et apporterez votre expertise en soutien aux autres équipes de l’unité.

Vos activités principales incluront :

* Mettre en œuvre des approches de génomique comparative et de phylogénomique pour étudier la diversité et l’évolution bactérienne ;
* Analyser des jeux de données métagénomiques (microbiotes, flux de gènes, flore de barrière, etc.) ;
* Réaliser la mise en forme et la visualisation graphique des résultats ;
* Assurer la gestion FAIR des données omiques et participer à la gestion des données à l’échelle du projet, de l’équipe et de l’unité ;
* Mettre à jour et gérer les pipelines bioinformatiques ;
* Effectuer une veille scientifique et technologique sur les méthodes de séquençage et outils bioinformatiques ;
* Conseiller et former à l’utilisation des outils bioinformatiques.

Ce poste peut nécessiter d’opérer en zone à régime restrictif (ZRR), nécessitant une autorisation spécifique délivrée par les autorités compétentes. Un avis ministériel défavorable entraînerait l’annulation du recrutement.


Formations et compétences recherchées

Vous détenez un diplôme en bioinformatique, avec une expérience appréciée.


Vos compétences

* Maîtrise du travail en ligne de commande ;
* Compétences en programmation (Python, R, etc.) ;
* Gestion de pipelines bioinformatiques ;
* Expérience avec des clusters de calculs (parallélisation).


Modalités pour postuler

* Téléchargez le guide « Guide des candidats » (PDF, 3.43 MB) ;
* Notez le numéro du profil CAMOB25-IE-MICA-1 ;
* Inscrivez-vous via le lien d’inscription.

Les employés d’INRAE, en tant qu’établissement public, sont soumis au Code de la fonction publique, notamment en matière de neutralité et laïcité. Ils doivent respecter ces principes dans l’exercice de leurs fonctions, même en dehors du contact avec le public. Plus d’informations sur fonction publique.gouv.fr.

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