Postdoc en approche phylogénétique pour caractériser la diversité inconnue des milieux aquatiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) à Villeurbanne au sein de l‘équipe EcoFlowS (https://ecoflows.inrae.fr/) de l’unité de recherche RiverLy (INRAE, https://riverly.inrae.fr/) en partenariat avec le Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés (LEHNA, UMR 5023 Université Claude Bernard Lyon 1 – CNRS – ENTPE, https://umr5023.univ-lyon1.fr/) dans le cadre d’un poste de recherche postdoctorale au sein du projet ALIQUOT (ANR-22-PEPR-0011).
Ce poste s’inscrit dans les objectifs du projet ALIQUOT, lauréat en 2023 du 1er appel à projet du Programme National de Recherche Exploratoire OneWater - Eau Bien Commun. Lancé en Mars 2022, ce programme financé par le plan France 2030 (53M€) vise à développer les connaissances dans le domaine de l’eau pour changer de paradigme et réhabiliter l’eau comme bien commun.

Le projet ALIQUOT vise à mieux comprendre la dynamique des acides nucléiques (ADN/ARN) environnementaux en milieux aquatiques pour mieux les utiliser comme des sentinelles de la diversité et du fonctionnement des socio-hydrosystèmes. Le projet regroupe un consortium national d’une dizaine de laboratoires rattachés au CNRS, au BRGM, à Sorbonne université et à INRAE, impliquant plusieurs thèses et post-doctorats dans un environnement collaboratif. Une des tâches d‘ALIQUOT a pour objectif de développer une approche innovante permettant de réaliser des suivis moléculaires de biodiversité dans les milieux aquatiques orphelins (ex : eaux souterraines) pour lesquels les bases de données de références génétiques sont très largement incomplètes, ne permettant pas d’assignations taxonomiques fiables pour de nombreux groupes taxonomiques.
Dans ce cadre, nous proposons un poste de chercheur.euse postdoctoral.e de deux ans centré sur le développement d’une approche bio-informatique visant à caractériser la diversité inconnue (i.e., non décrite) à travers le placement phylogénétique des données de séquençage haut-débit sur des arbres de référence issus du séquençage de mitogénomes..
Concrètement, il s’agira dans un premier temps de reconstruire un arbre phylogénétique de référence des métazoaires à partir de données de mitogénomes. Pour ce faire, une approche de mitogénomique sera entreprise afin de reconstruire les mitogénomes complets à partir d’ADN extrait directement du pool d’espèces collectés in situ (« bulk »). Ces données permettront de reconstruire les relations de parenté entre les organismes collectés, et de les inclure dans les phylogénies de référence plus large préalablement construites.
Dans un deuxième temps, l’utilisation d’algorithmes de placement phylogénétique permettra de replacer les « barcodes ADN » mitochondriaux utilisés en routine par les approches de metabarcoding pour caractériser la biodiversité animale dans l’arbre phylogénétique des métazoaires. Ce pont entre données de metabarcoding et données évolutives (mitogénomes) permettra d’envisager le suivi de la biodiversité dans des milieux pour lesquelles les bases de références sont absentes (où très largement incomplètes) et sera compatible avec une approche de rétro-identification des espèces le jour où celle-ci seront formellement décrites.
Dans le cadre de ce post doctorat, il s’agira de mettre au point une preuve de concept d’une telle méthode. La personne recrutée sera notamment en charge de :

1.Mettre en place une approche automatisée de reconstruction phylogénétique pour les métazoaires à partir de données de mitogénomes en libre accès (NCBI).
2.Analyser d’un point de vue bio-informatique les résultats d’une étude sur communautés contrôlées permettant de tester la faisabilité de la reconstruction de mitogénomes complet à partir de l’ADN extrait d’un pool d’individus appartenant à des espèces plus ou moins proches phylogénétiquement.
3.Mener une première étude avec des données de macro-invertébrés collectés in situ (« Bulk » et ADNe), afin de tester l’approche en conditions réelles.
4.Travailler en collaboration avec deux ingénieur(e)s d’études, en biologie moléculaire pour la production des données et en bio-informatique pour la gestion et l’archivage des données.
5.Participer au travail de biologie moléculaire lié à cette tâche et contribuer à l’animation du projet.

Conditions particulières d’activité : Le travail de laboratoire sera tout ou en partie réalisé au LEHNA, les réunions seront très fréquentes avec les collègues du LEHNA et plus largement avec les membres du projet ALIQUOT. Le.a candidat.e aura un accès au cluster de calcul du PRABI AMSB plateforme informatique de la Fédération de Recherche BioEEnViS (http://amsb.prabi.fr/opendata.html). Le télétravail sera possible jusqu’à 3 jours/semaine maximum. Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que le.a candidat.e soit autorisé.e par l'autorité compétente du MESR.


Formations et compétences recherchées

Doctorat

Formation recommandée : Doctorat en bio-informatique en lien avec les sciences de la biodiversité ou en phylogénie/phylogénomique ou en génomique environnementale.
Connaissances souhaitées : Bonne connaissance en écologie moléculaire, phylogénie /phylogénomique et génomique environnementale. Des connaissances en analyses statistiques de la biodiversité, ainsi que des connaissances pratiques en biologie moléculaire seront appréciées.
Expérience appréciée : Expérience de programmation et de bio-informatique sur les pipelines analytiques notamment de reconstruction génomique de novo, en analyse phylogénétique/phylogénomique et en analyse de données NGS de type metabarcoding. Une expérience autour de la biodiversité des milieux aquatiques et/ou en analyses statistiques pour l’écologie des communautés sera appréciée mais n’est pas obligatoire.
Aptitudes recherchées : Bonnes qualités rédactionnelles et de communication orale. Bonnes qualités relationnelles, de travail en équipe, d’autonomie, et bonnes capacités organisationnelles. Curiosité et bonne maîtrise de l’anglais écrit et oral.


Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.


Modalités pour postuler

Par mail ou par courrier possible aux adresses indiquées

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr