La résistance aux antibiotiques est un problème de santé publique majeur avec l'émergence de souches bactériennes extrêmement résistantes qui deviennent difficiles à traiter. Klebsiella pneumoniae est une bactérie responsable d'infections diverses (urinaires, pulmonaires et septicémie), graves, essentiellement acquises à l'hôpital. C'est aussi une bactérie qui a une forte capacité à être résistante à haut niveau pour de nombreux antibiotiques. Les ß-lactamines sont les antibiotiques les plus prescrits du fait de leur efficacité et, le plus souvent, de leur faible toxicité. Les ß-lactamines inactivent les protéines liant la pénicilline (PLP), impliquées dans la biosynthèse du peptidoglycane, et entraînent la mort de la bactérie. La résistance aux ß-lactamines des souches cliniques de K. pneumoniae résulte de la combinaison de l'expression de ß-lactamases qui dégradent l'antibiotique dans le périplasme et de mutations qui réduisent leur entrée dans le périplasme, augmentent leur efflux ou altèrent leur cible.
Missions :
L'objectif général du projet est de quantifier la contribution de ces différents mécanismes et leurs interactions afin de modéliser la résistance et l'action des ß-lactamines sur K. pneumoniae. Un objectif appliqué pour un diagnostic génomique est de prédire la résistance de souches cliniques sur la base de mutations dans des gènes candidats et des gènes de résistance présents.
Une stratégie de biologie synthétique est utilisée pour atteindre ces objectifs. Elle est basée sur :
(i) la manipulation génétique d'une souche de K. pneumoniae sensible aux ß-lactamines afin de moduler les différents paramètres ;
(ii) de caractériser l'impact de différentes ß-lactamines sur ces souches par différentes méthodes comme la détermination de la concentration minimale inhibitrice, du temps menant à la mort de la bactérie (time-kill) ou les modifications de la forme des bactéries
(iii) la combinaison de ces données dans un modèle mathématique de l'action des ß-lactamines.
Les manipulations génétiques seront essentiellement des délétions de gènes, l'introduction de mutations ponctuelles et l'expression de gènes notamment de ß-lactamases sous le contrôle d'un promoteur inductible. Les souches construites résulteront d'une combinaison de ces modifications.
Les missions principales de l'alternant.e :
- D'une part en microbiologie moléculaire la construction de souches modifiées et le clonage de gènes sous le contrôle d'un promoteur inductible.
Il ou elle se formera ainsi à la biologie moléculaire et à la manipulation génétique de souches bactériennes.
- D'autre part l'apprenant.e caractérisera l'action des antibiotiques sur ces souches modifiées. Il se formera à l'ensemble des méthodes d'analyse de l'action des antibiotiques dérivées de méthodes utilisée en microbiologie clinique. Il ou elle devra finalement analyser les résultats afin d'évaluer l'impact des différentes modifications.
En cliquant sur "JE DÉPOSE MON CV", vous acceptez nos CGU et déclarez avoir pris connaissance de la politique de protection des données du site jobijoba.com.