Topic description
Quel est le sujet de la thèse ?
« Impact des plastiques aquacoles sur la propagation des gènes de virulence et de résistance aux antibiotiques : risques pour l’aquaculture et la santé humaine. »
Le projet doctoral vise à comprendre le rôle des plastiques comme vecteurs de pathogènes et de gènes d’antibiorésistance dans les écosystèmes aquacoles, à travers une approche comparative entre différentes régions du monde et une évaluation des risques pour la santé humaine.
L’étude sera menée dans deux zones contrastées : l’une en Asie du Sud-Est (Vietnam) dans un écosystème aquacole intensif et sous forte pression aux antibiotiques et déchets plastiques, l’autre en océan Indien (île Maurice, Madagascar) avec un écosystème aquacole présentant des pratiques plus durables (faible utilisation d’antibiotiques, faibles densités en plastiques). L’objectif est de comprendre comment les plastiques aquacoles pourraient contribuer à la propagation de pathogènes résistants aux antibiotiques dans l’environnement, et d’évaluer les risques pour la santé humaine liés à l’exposition aux antibiotiques (risques pour l’aquaculteur) et la consommation de produits de la mer contaminés (risques pour le consommateur).
Le projet présente trois axes : caractérisation du pathobiome et du résistome associés aux plastiques aquacoles à des échelles régionale et locale, transfert de pathogène marin modèle via les plastiques vers les tissus animaux et persistance après différents procédés alimentaires, et contribution à l’évaluation des risques sanitaires humains associés à la contamination microbienne, et gènes de résistance/ virulence dans les poissons exposés aux plastiques.
Quelles seront vos missions et vos activités ?
1. Caractérisation environnementale et microbiologique
1. Analyse du résistome et du pathobiome associés aux plastiques aquacoles à des échelles régionales et locales, au travers de données en partie acquises lors des campagnes Plastic Odyssée dans la Région, et de la campagne Vectoplastic à Madagascar). De nouvelles données de terrain seront acquises pour l’étude du résistome, à Maurice et au Vietnam, afin d’étudier la circulation des gènes d’antibiorésistance entre les différents compartiments du milieu.
2. Échantillonnage en milieu naturel (eau, sédiments, poissons, plastiques)
3. Analyses en biologie moléculaire et métagénomique
2. Expérimentations
4. Mise en place d’expériences contrôlées de transfert de pathogènes aux espèces consommées par l’homme
5. Suivi de la persistance de ces microorganismes dans les tissus, après différentes méthodes de préparation des aliments
3. Évaluation des risques
6. Contribution à l’analyse des risques pour les travailleurs et les consommateurs
7. Intégration de données biologiques et sociales
8. Cet axe se fera en collaboration avec un.e autre doctorant.e sur ce sujet recruté.e par le CNRS sur l’appel 80|PRIME .
4. Approche interdisciplinaire
9. Participation aux enquêtes auprès d’acteurs de l’aquaculture dans le sud-ouest de l’océan indien
5. Valorisation scientifique
10. Publications (3 articles)
11. Communications dans des congrès internationaux
Comment se déroulera votre activité ?
12. Le projet se déroulera sur 3 ans avec :
13. Travail en laboratoire (France – Sète / Montpellier)
14. Missions de terrain (Vietnam, Île Maurice)
15. Expérimentations en conditions contrôlées (Madagascar)
16. Analyse de données et modélisation
Starting date
-10-05
Funding category
Public funding alone (i.e. government, region, European, international organization research grant)
Funding further details
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