Bio-informaticien h/f

MétierIngénieur en biologie médicale
Type de contratTitulaire ou CDD
Service d'affectationPLATEFORME GENOMIQUES
Présentation du service
Le DMU Biologie-Pathologie constitue le laboratoire de Biologie Médicale (LBM) unique des Hôpitaux Universitaires Henri Mondor.

Il réalise et de développe les examens de biologie médicale et d'histologie-anatomie pathologique au bénéfice de l'ensemble des patients des pôles cliniques des Hôpitaux Universitaires Henri Mondor et des prescripteurs externes.

Le DMU est organisé en 5 départements dirigés par des Biologistes/Pathologistes médicaux :
- Pathologie
- Biochimie-Pharmacologie
- Génétique médicale
- Hématologie Immunologie Biologiques
- Virologie, Bactériologie-Hygiène, Mycologie-Parasitologie, Unité de Traitement transversale des infections

Et
- 1 plate-forme Génomiques (GenoBioMICs)
- 1 Plate-forme de Ressources Biologiques (PRB)
- 1 Laboratoire des Examens Externalisés (L2E)

PRESENTATION DE L'UNITE

La plateforme de génomique, GenoBioMICs, assure une activité de service (PCR temps réelle, séquençage) partagée entre le département de génétique, le département de pathologie, le département d'hématologie-immunologie biologiques et de microbiologie. Elle assure plus particulièrement les examens de diagnostic innovant par techniques de séquençage à haut débit.

COMPOSITION DE L'EQUIPE GenoBioMICs
- 2 biologistes
- 1 cadre de santé
- 6 techniciens de laboratoire
- 1 ingénieur en biologie
- 5 ingénieurs bio-informatique
- 1 administrateur système

Vos missions
MISSIONS GÉNÉRALES :
- Assure sous la responsabilité du Directeur médical du DMU Biologie et du responsable de la plateforme GenoBioMICS, la réalisation des analyses bioinformatiques.
- Assure l'évaluation, le déploiement et le maintien des logiciels d'analyses relatifs au séquençage à haut débit.
- Assure le système qualité de la partie bioinformatique de la plateforme en lien avec les autres bioinformaticiens selon les exigences des normes relatives à l'accréditation des laboratoires (ISO 15189- ISO 17025)

MISSIONS PERMANENTES :
- Développement des progiciels et programmation nécessaires à l'exploitation des données biologiques et médicales, conformément aux recommandations des sociétés savantes, et aux procédures internes de la plateforme
- Paramétrage des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d'activité
- Assure le traitement et analyse des données de séquençage selon l'organisation prévue sur la plateforme
- Veiller au maintien des outils bio-informatiques lors des pannes pouvant survenir.
- Formation de personnes aux techniques et procédures de son domaine, et à leur application
- Génétique constitutionnelle : implémenter des pipelines existants dans la littérature, tester, développer et maintenir des pipelines d'analyse de données génétiques constitutionnelle standard (à base GATK4 et DeepVariant);
- Oncogénétique : implémenter des pipelines existants dans la littérature, tester, développer et maintenir des pipelines d'analyse de données de génétique somatique (à base Mutect, Vardict et Varscan)
- Interagir avec les biologistes des secteurs de génétique somatique et constitutionnelle afin d'améliorer le rendu des résultats aux cliniciens.
- Contribuer au fonctionnement de l'équipe Bioinformatique de la PF
- Travail en interaction avec la plateforme bioinformatique de l'AP-HP MOABI sur certaines activités délocalisées.

MISSIONS SPÉCIFIQUES :
- Encadre ou accompagne des étudiants sur ses thématiques
- Participe à des congrès concernant son domaine d'activité
- Evalue la faisabilité des projets avec l'équipe médicale et paramédicale
- Participe aux études et aux travaux dans son domaine de recherche
- Participe à la diffusion et valorisation des résultats (rapports, publications, communications)
- Réécriture / optimisation de pipelines d'analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation
- Développement d'outils spécifiques au diagnostic clinique en génétique humaine constitutionnelle et somatique avec recherche bibliographique, évaluation d'outils publiés, mise en place d'approches originales
- Implémentation d'outils d'analyse des LOH et CNVs sur données de séquençage haut-débit.
- Développement et implémentation d'outils permettant l'analyse des signatures mutationnelles (TMB, HRD MMEJ, instabilité microsatellitaire etc.) par séquençage haut-débit
- Implémentation d'outils d'analyse de la clonalité lymphoïde tel que Vidjil par séquençage haut-débit.

Profil recherché
Diplôme / FORMATION : Niveau Bac +5 (Master 2, Ecole d'ingénieur) en bioinformatique.

EXPERIENCE CONSEILLEE : 2 à 3 ans d'expérience en analyse de données de séquençage à haut débit en milieu hospitalier.
Autres compétences nécessaires : expériences dans les variants structuraux (constit et/ou somatique); expérience dans le traitement de données Nanopore et Illumina, expériences dans la gestion des UMIs.

SAVOIR FAIRE REQUIS

- Programmation en language Python
- Maitriser l'environnement Linux
- Suivi des procédures qualité dans le cadre de développement de progiciels bioinformatique et gestion des données (recueil des besoins, conception et rédaction de cahier des charges, conception et rédaction de dossiers de validation de méthodes, traçabilité)
- Savoir évaluer le temps et les moyens nécessaires à la réalisation d'un projet
- Conduite de projet et communication sur l'état d'avancement
- Pédagogie

Schéma horaireJour
Temps de travailAdministratif - Forfait
Horaires de travailForfait du lundi au vendredi plage 8h00-19h00
TélétravailOui
Vos avantages à l'AP-HPParticipation aux frais d'abonnement transports en commun ou le forfait mobilité durable Crèches aux horaires élargies et centres de loisirs Possibilité de stationnement gratuit et développement des mobilités douces et durables Offre diversifiée de restauration (self, food-trucks, cafétéria), de divertissement et activités de bien-être (Bulle, APSAP, Agospap, médiathèque) Perspectives d'évolution professionnelle, notamment via la formation continue (promotion pro, DU et master) Accompagnement personnalisé des agents durant leur carrière (conseil en ressources humaines, prévention des risques professionnels, santé au travail, service social du personnel)
Labellisé service apprenantLabellisé service apprenant

Description de l'hôpitalSitué à Créteil (94), l'hôpital Henri-Mondor propose une prise en charge complète sur un large panel de spécialités, dont 9 permanences de soin labellisées par l'ARS (orthopédie, urologie, digestif, neuroradiologie, neurochirurgie, ou encore imagerie interventionnelle). Il s'agit de l'un des premiers centres d'urgences du Val-de-Marne. Il compte également 8 centres de références maladies rare et 11 centres de compétences.
Référence de l'offre2