Ingénieur.e en bio-informatique spécialité génomique h/f

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Ingénieur.e en bio-informatique spécialité génomique H/F

Paléogénomique, génomique comparative du blé


Vos missions en quelques mots

Vous serez en charge de l’analyse de séquences issues d’ADN ancien de plantes (Pont et al. 2019 doi: 10.1186/s13059-019-1627-1) et de leur comparaison avec des bases de données caractérisant les accessions modernes de blé (polymorphisme SNP). Cela inclut des analyses phylogénétiques et descriptives (Blast, ACP). Vous participerez au développement méthodologique et à l’optimisation des processus, en assurant le suivi qualité et la traçabilité des analyses, et en rendant compte de la progression du travail.


Profil recherché

Formation recommandée : ingénieur ou Master en bio-informatique, modélisation de données, génétique, épigénétique, ou intégration des données (génétique, épigénétique, transcriptomique, petits ARNs).


Compétences souhaitées

* Maîtrise des langages de programmation (Bash, Python, R, C, C++, Gitlab, Conda, clusters HPC, etc.) et des outils d’interfaçage pour la génomique (Galaxy).
* Expérience avec l’exploitation de données NGS (génétique, épigénétique, transcriptomique, petits ARNs), du contrôle qualité à l’analyse fine des polymorphismes.
* Exploration de séquences (comparaison/mapping avec Blast, BWA, Bowtie).
* Utilisation de banques de données génomiques.
* Alignement de séquences, analyses phylogénomiques, analyse de structure (Megan, Structure), génétique des populations.
* Compétences en biostatistique (machine learning, glm, modèles multivariés) pour l’interprétation des résultats.
* Maîtrise des techniques d’analyse de metabarcoding, métagénomique et statistiques associées.
* Une expérience en génomique comparative et évolutive serait un plus.


Aptitudes recherchées

Rigueur, autonomie, motivation, bonne communication en anglais.


Procédure de candidature

Envoyez votre CV et une lettre de motivation à Caroline Pont.

Offre publiée le 25 mars 2025, jusqu’au 1 septembre 2025.

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