H/f ingénieur(e) d’étude en bioinformatique

Les missions qui incomberont à la personne recrutée seront d’analyser les résultats obtenus précédemment par une étudiante. Ces résultats portent notamment sur l’analyse de la locomotion des souris et sur la différence d’expression génique entre des animaux avec et sans traitement.


Activités

analyses bioinformatiques de données de RNA sequencing
analyses bioinformatiques de données de locomotion chez la souris


Compétences

 Savoirs / connaissances La personne recrutée devra être titulaire d’un master ou d’un diplôme équivalent dans le domaine de l’informatique ou de la bioinformatique ou de l’ingenieurie de la santé
 Savoir-faire La personne recrutée devra être à même de mener des analyses informatiques utilisant des logiciels dédiés tels que python pour l’analyse de la locomotion ou encore cytoscape pour celles de RNASeq. De plus, l’objectif étant d’utiliser les résultats générés pour une publication la personne devra être à même d’écrire un rapport en anglais.
 Savoirs-être : Le travail qui devra être réalisé s’intègre dans un programme plus vaste qui fait l’objet d’une thèse, de ce fait la personne devra communiquer ses résultats avec son encadrant et l’étudiante en thèse.


Contexte de travail

Les lésions de la moelle épinière (LM) entraînent un handicap à vie avec des conséquences socioéconomiques lourdes et restent à ce jour sans traitement. La complexité des LM entrave la réparation par une mauvaise revascularisation, la libération de molécules cytotoxiques, et la formation de cavités ; exacerbées par une ischémie et une inflammation persistante. C’est dans ce contexte physiopathologique que se situe les travaux de l’équipe. En particulier, nous développons des approches thérapeutiques combinant l’utilisation des transplantations cellulaires, l’implantation de biomatériaux et de la stimulation magnétique répétitive. Les objectifs recherchés sont la modulation de la cicatrice médullaire dans le but d’induire une repousse axonale ciblée et une récupération fonctionnelle, nous portons également un intérêt particulier à l’étude de la mobilisation des cellules épendymaires, cellules souches endogènes présentes autour du canal central.
D’un point de vu technique et méthodologique, nous utilisons des modèles animaux notamment des souris Wild Type et également des lignées de souris transgéniques sur lesquelles nous effectuons des lésions de la moelle épinière. Les animaux sont ensuite évalués par le biais de tests et analyses locomoteurs et histologiques. Nous réalisons également des études transcriptomiques via des expériences de RT-qPCR et de RNA sequencing.
La personne recrutée devra être titulaire d’un master ou d’un diplôme équivalent dans le domaine de la bioinformatique et de l’analyse de données. La personne recrutée devra effectuer en autonomie l’analyse et l’interprétation des résultats de locomotion et de RNAseq et devra donc de se faire savoir programmer sous R et en python et utiliser les logiciels d’analyses de transcrits et de statistiques. Du fait des thématiques abordées, la personne recrutée devra posséder des connaissances de bases de la physiologie de la moelle épinière. Le laboratoire se situe au sein de l’UMR CNRS SPPIN (UMR8003) situé à l’UFR Sciences Fondamentales et Biomédicales, 45 rue des Saints Pères à Paris.
Les personnes intéressées doivent déposer leur du C.V. et leur lettre de motivation sur l’espace de candidature du Portail Emploi CNRS.

Les lésions de la moelle épinière (LM) entraînent un handicap à vie avec des conséquences socioéconomiques lourdes et restent à ce jour sans traitement. La complexité des LM entrave la réparation par une mauvaise revascularisation, la libération de molécules cytotoxiques, et la formation de cavités ; exacerbées par une ischémie et une inflammation persistante. C’est dans ce contexte physiopathologique que se situe les travaux de l’équipe. En particulier, nous développons des approches thérapeutiques combinant l’utilisation des transplantations cellulaires, l’implantation de biomatériaux et de la stimulation magnétique répétitive. Les objectifs recherchés sont la modulation de la cicatrice médullaire dans le but d’induire une repousse axonale ciblée et une récupération fonctionnelle, nous portons également un intérêt particulier à l’étude de la mobilisation des cellules épendymaires, cellules souches endogènes présentes autour du canal central.
D’un point de vu technique et méthodologique, nous utilisons des modèles animaux notamment des souris Wild Type et également des lignées de souris transgéniques sur lesquelles nous effectuons des lésions de la moelle épinière. Les animaux sont ensuite évalués par le biais de tests et analyses locomoteurs et histologiques. Nous réalisons également des études transcriptomiques via des expériences de RT-qPCR et de RNA sequencing.
La personne recrutée devra être titulaire d’un master ou d’un diplôme équivalent dans le domaine de la bioinformatique et de l’analyse de données. La personne recrutée devra effectuer en autonomie l’analyse et l’interprétation des résultats de locomotion et de RNAseq et devra donc de se faire savoir programmer sous R et en python et utiliser les logiciels d’analyses de transcrits et de statistiques. Du fait des thématiques abordées, la personne recrutée devra posséder des connaissances de bases de la physiologie de la moelle épinière. Le laboratoire se situe au sein de l’UMR CNRS SPPIN (UMR8003) situé à l’UFR Sciences Fondamentales et Biomédicales, 45 rue des Saints Pères à Paris.
Les personnes intéressées doivent déposer leur du C.V. et leur lettre de motivation sur l’espace de candidature du Portail Emploi CNRS.


Contraintes et risques

Aucune contrainte et risque particulier liés à l’emploi.

Aucune contrainte et risque particulier liés à l’emploi.