Ingénieur d'étude en modélisation du fonctionnement des arbres forestiers h/f

La personne recrutée aura ne charge l'exécution des tâches de modélisation du projet FAGRESCUE et leur valorisation scientifique.
Activités
- Créer des workflows dans R pour traiter les sorties et entrées du modèle PHENOFIT5
- Intégrer de nouveaux processus dans le modèle PHENOFIT5
- Générer des données climatiques à 100 m de résolution spatiale du mont Ventoux et de la Massane
- Réaliser des simulations avec le modèle PHENOFIT5
- Analyser les prédictions du modèle PHENOFIT5 à l'aide de scripts R
- Rédiger une documentation pour le suivi et la valorisation du projet
- Rédiger un article scientifique en anglais pour une revue scientifique à comité de lecture en collaboration avec les chercheurs du projet.
- Réaliser des mesures de LT50 (température de résistance au gel) en laboratoire
- Réaliser une veille bibliographique

Vous aurez également la possibilité de participer à :
- Campagnes de terrain du projet FAGRESCUE

Compétences
Formation recommandée : Ecologie, Foresterie, Agronomie.
Connaissances souhaitées : Biologie Evolutive, Ecophysiologie végétale, Modélisation, Simulation numérique, Statistiques
Langages de programmation : R, R Markdown, Java. Notions de versionnage (Git).
Aptitudes recherchées : Rigueur/fiabilité. Sens de l'organisation. Travail en équipe. Rédaction et présentation orale (français/anglais). Sens de l'initiative.

Contexte de travail

Le projet FAGRESCUE vise à mettre au point une méthodologie pour identifier le matériel génétique intéressant pour des plans d'enrichissement des peuplements existants afin d'accélérer leur adaptation au changement climatique. A cette fin, le projet développe une méthodologie de phénotypage haut-débit de différents traits fonctionnels des arbres (traits de phénologie et de résistance au stress hydrique) à l'aide d'imagerie aéroportée et d'imagerie satellite. Les données phénotypiques obtenues alimenteront des modèles génomiques afin d'identifier les bases génétiques de ces traits fonctionnels. Le modèle de fonctionnement de l'arbre, PHENOFIT5, sera mobilisé pour prédire comment les phénotypes associés aux différents génotypes ainsi identifiés se comporteront dans les conditions climatiques futures à travers la France. Le modèle PHENOFIT5 est développé par l'équipe FORECAST et hébergé sur la plateforme de modélisation CAPSIS sous Java. Les sorties du modèle seront notamment utilisées pour estimer comment la sélection sur les traits phénologiques et traits de résistance au stress hydrique va évoluer avec le changement climatique et quelles combinaisons phénotypiques auront les meilleures performances jusqu'en 2100. Le projet FAGRESCUE se focalise sur le hêtre (Fagus sylvatica).
Votre environnement de travail :
La personne sera accueillie au sein de l'unité CEFE à Montpellier. Le CEFE est l'un des plus grands laboratoires de recherche en écologie et évolution en France qui développe ses activités sur les grandes préoccupations des sociétés : la biodiversité, les changements à l'échelle planétaire et le développement durable. L'objectif est l'établissement de scénarios d'évolution des systèmes écologiques et de stratégie pour leur conservation, leur restauration ou leur réhabilitation.
La personne sera au sein de l'équipe FORECAST qui travaille sur les forêts tempérées et méditerranéennes et se compose d'écophysiologistes et de modélisateurs. L'équipe FORECAST développe notamment différents modèles utilisés pour établir des projections de la répartition géographique, la croissance, la survie et la régénération des principales essences forestières d'Europe dans les conditions climatiques futures, ainsi que leur capacité d'adaptation.
La personne travaillera avec Isabelle Chuine (DR CNRS), une personne en thèse en cours de recrutement, un ingénieur développement logiciel. Vous travaillerez pour le projet ANR FAGRESCUE et interagirez avec les scientifiques du projet issus des laboratoires LGDP (Perpignan), URFM (Avignon), DYNAFOR (Toulouse), IPSIM (Montpellier).
Cadre de vos missions et vos activités :
Le projet FAGRESCUE vise à mettre au point une méthodologie pour identifier le matériel génétique intéressant pour des plans d'enrichissement des peuplements existants afin d'accélérer leur adaptation au changement climatique. A cette fin, le projet développe une méthodologie de phénotypage haut-débit de différents traits fonctionnels des arbres (traits de phénologie et de résistance au stress hydrique) à l'aide d'imagerie aéroportée et d'imagerie satellite. Les données phénotypiques obtenues alimenteront des modèles génomiques afin d'identifier les bases génétiques de ces traits fonctionnels. Le modèle de fonctionnement de l'arbre, PHENOFIT5, sera mobilisé pour prédire comment les phénotypes associés aux différents génotypes ainsi identifiés se comporteront dans les conditions climatiques futures à travers la France. Le modèle PHENOFIT5 est développé par l'équipe FORECAST et hébergé sur la plateforme de modélisation CAPSIS sous Java. Les sorties du modèle seront notamment utilisées pour estimer comment la sélection sur les traits phénologiques et traits de résistance au stress hydrique va évoluer avec le changement climatique et quelles combinaisons phénotypiques auront les meilleures performances jusqu'en 2100. Le projet FAGRESCUE se focalise sur le hêtre (Fagus sylvatica).

Contraintes et risques

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