Ingénieur - etude des changements de forme durant le développement application à l'embryogénèse de l'oursin et au développement d'organoides h/f

A propos d'Inria

Inria est l'institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 215 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3900 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l'interface d'autres disciplines. L'institut fait appel à de nombreux talents dans plus d'une quarantaine de métiers différents. 900 personnels d'appui à la recherche et à l'innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde. Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 200 start-up. L'institut s'eorce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l'économie. Ingénieur - Etude des changements de forme durant le développement : Application à l'embryogénèse de l'oursin et au développement d'organoides

Type de contrat : CDD

Niveau de diplôme exigé : Thèse ou équivalent

Fonction : Ingénieur scientifique contractuel

Niveau d'expérience souhaité : De 3 à 5 ans

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

L'Inria est l'Institut national de recherche en sciences du numérique, dont le centre Inria d'Université Côte d'Azur fait partie. Avec une forte expertise en informatique et mathématiques appliquées, les projets de recherche du centre Inria d'Université Côte d'Azur touchent toutes les dimensions des sciences et technologies du numérique, et génèrent de l'innovation. Implanté principalement à Sophia Antipolis, mais également à Nice ou Montpellier, il regroupe 47 équipes de recherche et neuf services d'appui. Il est présent dans les domaines de l'intelligence artificielle, la science des données, la sécurité des systèmes informatiques, la robotique, l'ingénierie de réseaux, la prévention des risques naturels, la transition écologique, la biologie numérique, les neurosciences computationnelles, les données de santé Le Centre Inria d'Université Côte d'Azur est un acteur majeur en termes d'excellence scientifique par les résultats obtenus et les collaborations tant au niveau européen qu'international.

Contexte et atouts du poste

Budding tubulogenesis is a biological process through which a tube forms from an epithelial sheet of cells. It represents the most common and versatile way to shape a tube [1]. This process involves coordinated changes of cell shapes, movements, protein expressions and other cellular dynamics.

The formation of the larval gut insea urchin embryo serves as an excellentmodel to study this process. To understand morphogenesis at the cellular level, it is essential to image, segment (i.e., individually identify), and track cells throughout the event at the whole-embryo scale [3].Our collaborators of the Rauzi team in Nice has successfully achieved this for multiple embryos of the speciesParacentrotus lividus.

The aim of the proposed project is to bring this study one step further by linking cell populations and their molecular characteristics. This will be accomplishedby correlating cell morphometrics with the cellular and subcellular localization of signaling factors (e.g. Frizzled 5/8, JnkP, [2]) or cell structural proteins (e.g. actin, myosin, microtubules,). The selected candidatewill therefore needto develop user-friendly,reusable numerical tools, preferablycompatible with existing tools [3], in order to:

1- Analyze the geometrical characteristics of the sub-cellular distribution of fluorescent molecules within each segmented cell.

2- Identify what are the signaling pathways activated accrossthe various cell populations.

[1]Romero A, Walker BL, Krneta-Stankic V, Gerner-Mauro K, Youmans L, Miller RK. The dynamics of tubulogenesis in development and disease. Development. 2025 Feb 1;152(3):DEV202820.
[2] Croce J, Duloquin L, Lhomond G, McClay DR, Gache C. Frizzled5/8 is required in secondary mesenchyme cells to initiate archenteron invagination during sea urchin development. Development. 2006 Feb;133(3):547-57.
[3] Guignard, L., Fiuza, U.-M., Leggio, B., Laussu, J., Faure, E., Michelin, G., Biasuz, K., Hufnagel, L., Malandain, G., Godin, C., and Lemaire, P. (2020). Contact-area dependent cell communications and the morphological invariance of ascidian embryogenesis. Science, accepted for publication.

Mission confiée

The aim of the proposed project is to bring this study one step further by linking cell populations and their molecular characteristics. This will be accomplishedby correlating cell morphometrics with the cellular and subcellular localization of signaling factors (e.g. Frizzled 5/8, JnkP, [2]) or cell structural proteins (e.g. actin, myosin, microtubules,). The selected candidatewill therefore needto develop user-friendly,reusable numerical tools, preferablycompatible with existing tools [3], in order to:

1- Analyze the geometrical characteristics of the sub-cellular distribution of fluorescent molecules within each segmented cell.

2- Identify what are the signaling pathways activated accrossthe various cell populations.

Compétences

The ideal candidate must have a PhD degree in computer science, mathematics, physics or developmental biology. S/he should have skills in several of the following areas: Image Processing and Analysis, Data Sciences, and Machine Learning. S/he should be proficient in programming in C/C++ and Python languages. Previous experience in biological or medical imaging will be considered as an asset. Mastering light-sheet microscopy is required.

Avantages

- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
- Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
- Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
- Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des oeuvres sociales d'Inria)
- Accès à la formation professionnelle
- Sécurité sociale

Rémunération

A partir de 2692 €brut mensuel (selon diplôme et expérience)