Thèse analyse incrémentale de modèles biologiques paramétrés h/f

Cette thèse porte sur la conception et la mise en oeuvre d'une analyse incrémentale
pour les modèles d'interaction entre instances de protéine décrits en Kappa. Nous comparerons deux approches : la première fondée sur l'utilisation d'hypergraphes pour exprimer comment chaque conclusion a été inférée, la seconde proposant une analyse de modèle paramétrique interfacée avec une analyse incrémentale classique pour ajouter des règles à la volée.
Nous étudierons également les meta-langages proposés dans la littérature pour les compiler sous forme de modèles paramétrés, et donc permettre leur analyse en amont. Enfin, l'intégration de l'analyse incrémentale dans un éditeur pose des questions d'ingénierie ardues qui sortent du cadre de la thèse.
Contexte de travail
Cette thèse se déroulera au sein de l'équipe Antique, du département d'informatique de l'Ecole normale supérieure. Le domaine de recherche principal de cette équipe est l'analyse statique par interprétation abstraite - une théorie unifiante pour comparer formellement le comportement d'un système dynamique à différents niveaux d'abstraction. La thèse sera encadrée par Jérôme Feret, spécialiste depuis plus de quinze ans, en interprétation abstraite des modèles de voies de signalisation écrit en Kappa.