Ingénieur d’étude (h/f) pour analyser des données de transcriptomes

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d’étude (H/F) pour analyser des données de transcriptomes
Référence : UMR7221-LAUSAC0-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mercredi 1 octobre 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : 2500 à 2800 euros brut mensuel
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en analyse de donnees

Missions

Le poste s’adresse à un candidat motivé (H/F) par une activité de recherche qui aura la charge de mener des analyses bioinformatiques innovantes, sur les données transcriptomiques déjà générées du projet de recherche MOA-ID, grâce aux outils classiques et des outils d’analyse que nous avons développés.

Activités

•Réaliser les contrôles qualité sur les données de transcriptomiques issue de séquençage haut-débit (type RNA-Seq),
•Traiter les données brutes de transcriptomiques (cartographies sur les génomes de médaka et de xénope puis analyses différentielles),
•Assurer la visualisation et la représentation des données à l’aide d’outils standards ou développés à façon (« Genome Browser » ou autre),
•Analyser les variations des transcriptomes (profils d’expression et ontologie),
•Identifier les gènes d’intérêt par une approche de biologie des systèmes correspondant à la construction et l’étude de réseaux de voies de signalisation biologique,
•Si besoin, concevoir ou développer de nouveaux outils bioinformatiques pour répondre aux questionnements rencontrés lors de l’analyse des variations des transcriptomes,
•Interagir avec les intervenants dans le projet MOA-ID afin d’optimiser l’interprétation des résultats obtenus.

Compétences

Connaissances
•Analyses bioinformatiques de données de séquençage (ARN messager, type RNA-Seq),
•Analyse statistique de données,
•Générales en biologie moléculaire afin de comprendre et analyser le problème scientifique posé par le projet MOA-ID et pouvoir interagir avec les chercheurs,
•Langue anglaise.

Compétences opérationnelles
•Maitriser des techniques de programmation sous environnement Unix/Linux ainsi que des langages de programmation Python et R,
•Maitriser l'utilisation de serveurs de calculs,
•Maitriser l’accès et la collecte de données aux bases de données publiques en génomique,
•Savoir gérer le stockage et la manipulation des données de grande dimension,
•Rédiger des rapports de synthèse et les présenter oralement lors de réunion de travail.

Compétences comportementales
•Rigueur scientifique et expérimentale
•Capacité à travailler en équipe

Contexte de travail

Selon la réglementation Européenne, « Un perturbateur endocrinien (PE) est une substance qui altère les fonctions du système endocrinien et de ce fait induit des effets néfastes dans un organisme intact ( ». Pour qu’une substance soit identifiée PE, il faut donc que la manière dont elle induit des effets délétères doit être décrite par une procédure normalisée appelée « mode d’action endocrinien » (MoA). Il existe plusieurs MoA possibles : une interaction avec le récepteur mais également un dérèglement de la production, du transport ou l’élimination d’une hormone. Certains de ces MoA peuvent être révélés par des tests in vitro, mais d’autres nécessitent une étude in vivo ou sur un organisme entier.
La stratégie d’évaluation européenne s’appuie sur la réalisation de tests permettant de déterminer leurs actions possibles sur les axes endocriniens. Les tests sont pratiqués selon des lignes directrices validées par l’Organisation de Coopération et de Développement (OCDE). Pour la perturbation thyroïdienne, il existe deux lignes directrices qui reposent sur des évaluations morphométriques lors de la métamorphose des amphibiens. Les travaux du laboratoire Watchfrog et l’UMR7221 sont à l’origine de la troisième ligne directrice : le test XETA (Xenopus Eleutheroembryonic Thyroid Assay). Ce test utilise une lignée transgénique où l’expression d’un marqueur fluorescent est placée sous le contrôle du promoteur d’un gène cible des hormones thyroïdiennes. Ainsi, les variations de la fluorescence dans l’animal in vivo indiquent si la substance testée affecte la signalisation thyroïdienne. En plus, le XETA peut apporter des indices sur le MoA. Nous avons également développé sur le même principe chez le poisson médaka, un test de détection de substances actives sur l’axe thyroïdien, TETHYS (Transgenic Eleutheroembryo ThYroid Specific test). Ce test utilise encore une lignée transgénique, mais ici l’expression du marqueur fluorescent est placée sous le contrôle du promoteur d’un gène dont le produit est impliqué dans la production des hormones thyroïdiennes. Comme pour le test XETA, le sens de variation de la fluorescence apporte des indices sur les modes d’action possibles de la substance. La plus-value de ce nouveau test réside dans la détection de MoA introuvables par le XETA.
Dans le cadre d’un projet financé par l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail), nous avons utilisé la combinaison de ces deux tests pour développer une méthode d’identification des MoA des perturbateurs thyroïdiens et l’avons appliqué à 16 substances classées prioritaires par l’ANSES pour l’évaluation de leur caractère PE. Nous avons sélectionné ensuite deux substances perturbant l’axe thyroïdien pour étudier les conséquences d’une exposition à ces substances sur le transcriptome toujours dans le cadre des tests TETHYS et XETA. Cette analyse de la variation de l’expression des gènes permettra d’affiner la caractérisation des MoA thyroïdiens mis en jeu et apportera des données sur une possible action sur d’autres voies de signalisation biologique.

Contraintes et risques

•Titulaire d’une licence ou diplôme classé au moins au niveau 6 au sens du répertoire national des certifications professionnelles (RNCP).