Ingénieur·e d’étude en bio-informatique f/h

Référence CSP: APHP_2025-19115
● Missions principales:

1. Développement de pipelines bio-informatiques
· Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l’étude génomique de
phages et de bactéries.
· Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative.
2. Analyse de données et modélisation
· Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes.
· Développer des modèles d’apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost).
· Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses.
3. Intégration et gestion des données
· Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données.
· Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats.
4. Interaction avec l’équipe expérimentale
· Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance.
· Participation à la conception des méthodes expérimentales.

Contexte scientifique
Ce poste s’inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage–bactérie dans un contexte infectieux.
Le projet explorera notamment :
· les récepteurs bactériens aux bactériophages,
· les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP),
· les systèmes de défense bactériens,
· les systèmes d’anti-défense phagiques,
· l’influence de la régulation de l’expression génique sur les dynamiques d’interaction.
L’objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d’estimer l’efficacité d’un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d’une approche de phagothérapie personnalisée.