Contexte du recrutement et définition de poste
La production dindicateurs comme outils de suivi de l'état de la biodiversité et de ses changements spatiotemporels est un enjeu majeur pour pouvoir mieux informer les citoyens ainsi que concevoir, alimenter et évaluer les politiques publiques de conservation.
Ces programmes s'appuient sur des réseaux de volontaires pour récolter des données standardisées de présence et d'abondance de divers groupes animaux et végétaux à l'échelle du territoire français. Ces protocoles de suivi de la biodiversité sont regroupés au sein de Vigie-Nature, le programme de science participative co-porté par l'UMR CESCO et l'UAR PatriNat (MNHN-OFB) ().
Sur la base des données du Suivi temporel des oiseaux communs (Stoc), l'équipe Vigie-Nature a développé une méthodologie d'analyse permettant de produire des indicateurs de biodiversité : changement de l'abondance des communautés d'oiseaux spécialistes, de l'indice trophique des communautés, de l'indice thermique des communautés. La publication de l'indicateur Oiseaux communs en 2018 a eu un écho médiatique considérable, montrant l'intérêt sociétal et politique de ces outils. Aujourd'hui, plusieurs observatoires de Vigie-Nature cumulent plus de 10 ans de données, et certains alimentent l'Observatoire National de la Biodiversité (ONB). Ce recul permet d'envisager de calculer des indicateurs de variations temporelles sur d'autres taxons que les oiseaux.
Le Suivi Temporel des Rhopalocères de France (Sterf), initié en 2005 et intégré auréseau européen eBMS depuis 2021 participe au calcul du Grassland Butterfly Index (GBI) pour le compte de l'Union Européenne. A l'échelle nationale, il offre aujourd'hui un recul suffisant pour que ses données soient intégrées à la routine d'analyse issue du Stoc, afin de produire des tendances de populations par espèces. Néanmoins, les spécificités des données du Sterf et du calcul du GBI impliquent un travail préliminaire de modélisation via l'estimation des phénologies de vol des papillons (Schmucki et al. 2016). Ce projet vise donc à développer une routine de calcul permettant de (i) modéliser les phénologies de vol des papillons; (ii) obtenir des valeurs estimées de l'abondance annuelle pour chaque site suivi et (iii) mobiliser ces données d'abondance estimées par site et par année pour calculer les indicateurs de tendances annuelles des espèces suivies au niveau national. Cette approche méthodologique pourra être déclinée pour d'autres observatoires de Vigie-Nature et en particulier le Suivi temporel des libellules (Steli).
DESCRIPTION DES MISSIONS
1) Développer un outil de calcul des tendances temporelles des papillons de jour à partir des données du Sterf, sur la base de la routine de calcul STOC. Cela doit notamment passer par le développement d'une routine d'analyses pérenne (scripts R) visant à estimer la phénologie des espèces de Rhopalocères, et la production de documentation de cet outil (script annoté, readme)
2) Produire les indicateurs nationaux type GBI à partir des tendances calculées, et proposer des déclinaisons régionales de ces indicateurs (si les données le permettent).
3) Décliner la méthodologie pour d'autres observatoires de Vigie-Nature dont le Suivi temporel des libellules (Steli)
Contribuer à la mise à disposition des données et documentation des méta-données.
Profil recherché
QUALIFICATIONS REQUISES
Formation initiale : Titulaire d'un Bac +5 (Master 2 ou école d'ingénieur) minimum avec un cursus en écologie / sciences de la vie / agronomie avec une forte composante en analyses de données OU un cursus en bioinformatique / statistiques appliquées avec un intérêt pour les questions de biodiversité et d'écologie.
Connaissances:
- Très bonne maitrise des méthodes statistiques fréquentistes classiques (modèle linéaire, GLM, effets aléatoires, GAM)
- Programmation sur R avancée (gestion de données, visualisation, définition de fonction, GIS, annotation de scripts)
- Maitrise des outils de versionnage et de travail collaboratif (Git)
- Connaissance des standards de données naturalistes et de recherche (e.g. SINP)
Savoir-être professionnel :
- Capacités de communication, de présentation écrite et orale et de synthèse
- Sens de l'écoute, du dialogue et du consensus
- Travail en équipe n'excluant pas l'autonomie et l'esprit d'initiative
- Sociabilité, disponibilité et mobilité
Information(s) complémentaire(s)
Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.
Le contrat
Localisation : Jardin des plantes
Contrat : Contrat de projet
Durée du contrat : 18 mois
Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.
Les avantages
Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)
Télétravail possible après 4 mois d'ancienneté (de 1 ou 2 jours selon les fonctions, activités, service et contexte de travail)
Restaurant d'entreprise
Mutuelle d'établissement
Un comité social et une association sportive et culturelle
Accès illimité aux sites de l'établissement avec invités
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