Développeur d’outils pour analyse et catalogue de données génétiques h/f

Entreprise

Née de la volonté conjuguée d’universités, de grandes écoles et d’organismes de recherche, l’Université Paris-Saclay compte parmi les grandes universités européennes et mondiales, couvrant les secteurs des Sciences et Ingénierie, des Sciences de la Vie et Santé, et des Sciences Humaines et Sociales. Sa politique scientifique associe étroitement recherche et innovation, et s’exprime à la fois en sciences fondamentales et en sciences appliquées pour répondre aux grands enjeux sociétaux. Du premier cycle au doctorat, en passant par des programmes de grandes écoles, l’Université Paris-Saclay déploie une offre de formation sur un large spectre de disciplines, au service de la réussite étudiante et de l'insertion professionnelle. Elle prépare les étudiants à une société en pleine mutation, où l’esprit critique, l’agilité et la capacité à renouveler ses compétences sont clés. L’Université Paris-Saclay propose également un riche programme de formations tout au long de la vie. Située au sud de Paris sur un vaste territoire, l'Université Paris-Saclay bénéficie d’une position géographique favorisant à la fois sa visibilité internationale et des liens étroits avec ses partenaires socio-économiques - grands groupes industriels, PME, start-up, collectivités territoriales, associations...

Poste

Au sein de la faculté de médecine, le Centre de Recherche en Épidémiologie et Santé des Populations (CESP) est l’un des principaux établissements de recherche épidémiologique en France (. Il est soutenu par trois institutions académiques : l’Inserm, l’Université Paris-Saclay et l’Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), ainsi que par plusieurs hôpitaux partenaires d’Île-de-France.

Afin d'atteindre ses objectifs, le CESP ambitionne à bâtir une infrastructure de recherche de premier plan, mise à disposition de l’équipe et de l’ensemble de la communauté scientifique nationale. Dans ce contexte, l’équipe Exposome et Hérédité recherche un·e développeur·se/ Ingénieur·e informatique pour renforcer son pôle bioinformatique.

Activités principales de l'agent·e

1\- Développement d’outils et de pipelines

* Développer et automatiser des pipelines pour l’analyse de données génétiques (imputation, GWAS, post-GWAS, scores polygéniques)
* Concevoir des API pour l’accès programmatique aux données
* Implémenter des outils facilitant la recherche, la visualisation ou l’analyse de données

2- Développement et maintenance des ressources génétiques

* Mettre en place des modèles de données adaptés aux formats génétiques (FASTA, GWAS).
* Organiser, documenter et assurer l’accessibilité des données de génotypage et des résultats génétiques
* Élaborer un catalogue de résultats de GWAS

3- Qualité, documentation et support

* Rédiger la documentation technique (pipelines, API, schémas de données)
* Participer à la définition des bonnes pratiques de gestion FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)
* Assurer un support technique aux utilisateurs internes

4. Veille technologique et amélioration continue

* Suivre l’évolution des outils bio/informatiques et des standards omiques
* Proposer des améliorations continues du catalogue et de l’écosystème logiciel

Profil

Connaissances :

* Langages Python, R, Bash et Java (niveau expert)
* Bases de données (SQL)
* Formats et standards omiques
* Méthodologies et techniques statistiques et informatiques liées au traitement de données génétiques (approfondie)
* Standards FAIR, des métadonnées, et des référentiels biologiques
* Anglais: niveau B1 à B2 (CECRL)

Compétences opérationnelles :

* Concevoir et mettre en œuvre des démarches de traitement et d’analyse de données génétiques
* Rédiger de la documentation technique et méthodologique (rapport, article)