Contexte du recrutement et définition de poste :
Au niveau mondial, le botulisme aviaire est responsable de la perte de millions d’oiseaux sauvages et représente la maladie la plus importante en termes de mortalité chez les oiseaux migrateurs. En France, des épisodes avec mortalité massive (plus de 200 oiseaux sauvages morts) sont rapportés et, entre 2000 et 2023, 306 foyers de botulisme dans l’avifaune ont été recensés par le réseau SAGIR avec une plus forte fréquence en été. Agent pathogène potentiellement zoonotique, ubiquiste dans l’environnement naturel et dont le cycle biologique (passage par des formes sporulées, végétatives et toxinogénèse) est dépendant de facteurs environnementaux, l’étude de C. botulinum s’inscrit dans une Au niveau mondial, le botulisme aviaire est responsable de la perte de millions d’oiseaux sauvages et représente la maladie la plus importante en termes de mortalité chez les oiseaux migrateurs. En France, des épisodes avec mortalité massive (plus de 200 oiseaux sauvages morts) sont rapportés et, entre 2000 et 2023, 306 foyers de botulisme dans l’avifaune ont été recensés par le réseau SAGIR avec une plus forte fréquence en été. Agent pathogène potentiellement zoonotique, ubiquiste dans l’environnement naturel et dont le cycle biologique (passage par des formes sporulées, végétatives et toxinogénèse) est dépendant de facteurs environnementaux, l’étude de C. botulinum s’inscrit dans une
approche intégrée dont les enjeux relèvent de la santé des écosystèmes. En outre, la compréhension des mécanismes et les préconisations de gestion revêtent une importance particulière dans un contexte de réchauffement climatique, où l’on peut s’attendre à une augmentation de la fréquence et du nombre de plans d’eau touchés par les épisodes de botulisme.
L’objectif global du projet est le suivant :
Déterminer les conditions physico-chimiques, hydrodynamiques, bactériologiques et ornithologiques pouvant conduire à un épisode de botulisme chez les oiseaux sauvages en écosystèmes lentiques français. Pour cela, les objectifs spécifiques sont :
1. d’identifier les conditions et mécanismes hydro-écologiques favorisant l’initiation d’un épisode de botulisme ;
2. de suivre le développement de C. botulinum, la production de toxines botuliques et l’évolution des communautés microbiennes dans les matrices environnementales, en lien avec les conditions hydro-écologiques suivies en 1) et les épisodes de botulisme;
3. d’identifier les modalités d’exposition des oiseaux sauvages;
4. de mettre en lien les conditions d’émission du danger (objectifs 1 et 2) et les modalités d’exposition des oiseaux (objectif 3) afin de proposer une évaluation du risque de survenue d’épisode de botulisme en écosystèmes lentiques français.
La méthodologie mise en œuvre pour répondre au 1er objectif consiste en un suivi des paramètres physico-chimiques dans les étangs (température, conductivité, O2 dissous, chlorophylle a, turbidité,…) à l’aide de sondes multiparamètres placées dans les étangs cas (avec historique de botulisme) et témoins (sans historique de botulisme) de 2 sites d’étude (Lac du Der dans la Marne et Marais d’Orx dans les Landes). Ces sondes seront complétées par des mesures d’O2 dissous et de température à différents points des étangs pour des suivis ponctuels afin d’investiguer la variabilité spatiale de ces 2 paramètres dont les modifications conditionnent le développement de C. botulinum. En parallèle de ce suivi des conditions hydro-écologique (et en fonction des variations observées), un échantillonnage de matrices environnementales (sédiments, eau, végétation aquatique, invertébrés) sera mis en œuvre pour recherche des différentes formes de C. botulinum d’une part et analyse de la composition microbienne d’autre part, répondant au 2ème objectif. Un suivi populationnel des oiseaux d’eau sur les sites d’étude (comptage sur les sites d’étude et identification des espèces, en dehors et lors d’épisode) sera également réalisé et mis en relation avec les paramètres écologiques et bactériologiques afin de mieux comprendre comment les oiseaux s’exposent à C. botulinum (objectif 3). Ce projet fait l’objet d’une thèse universitaire dans lequel ce stage stagiaire contribuera à la collecte et à la gestion des données correspondant à ces 3 protocoles sur le marais d’Orx au cours de l’été 2026. Ces données collectées ainsi que des données déjà existantes feront l’objet de premières analyses par stagiaire en lien avec le doctorant.
Activités principales : stagiaire interviendra principalement sur le terrain sur le site du marais d’Orx (Labenne, 40) entre le 1er juin et le 30 septembre (possibilité d'adapter les dates de prise et de fin de stage et de réaliser un stage de 3 mois) pour la collecte des données physico-chimiques (prise des données ponctuelles et de température, collecte des données issues des sondes multiparamètres) et la réalisation des prélèvements environnementaux. Selon les besoins et l’apparition d’épisode de botulisme, participera à la collecte d’oiseaux morts et aux prélèvements sur ces oiseaux avec le personnel de la réserve. pourra également participer, avec les référents ornithologiques, aux comptages des oiseaux nicheurs et au relevé de l’occupation spatiale des oiseaux sur les étangs suivis. saisira les données collectées et commencera les premières analyses descriptives en lien avec le doctorant.
Le stagiaire sera sous l'autorité de la cheffe de projet Ariane Payne (OFB, DRAS service SantéAgri) et en lien fonctionnel avec le doctorant et le personnel du marais d'Orx.
Le stage est majoritairement basé sur le site d’étude (Marais d’Orx). Des déplacements à Orléans et à Nancy sont à envisager.
Stage rémunéré (31,50€/jour travaillé).
Profil recherché :
Connaissances :
- Ecologie des milieux lentiques et méthodologie de suivi
- Connaissances en ornithologie appréciées
Savoir-faire opérationnel :
- Prélèvements en milieu humide
- Mise en œuvre de protocole de suivi physico-chimique
- Collecte et gestion des données
- Analyses descriptives d’un jeu de données
Savoir-être professionnel :
- Capacité d’adaptation
- Goût pour le terrain et le travail en équipe
- Rigueur et organisation
- Capacité à rendre compte
Diplômes – Formation – Expérience :
- Formation diplômante (Bac + 1 à Bac + 4 ) en biologie / écologie / sciences de l’environnement et de l’eau en particulier
Autres (si pertinent) :
- Savoir nager
- Connaissances des logiciels de bureautique
- Connaissance du logiciel R appréciées
Les personnes intéressées devront adresser leurs candidatures (CV détaillé et lettre de motivation) par courriel sous la référence Chaboté_stage26 à
La date limite de dépôt des candidatures est fixée au 03/04/2026
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