Ingénieur de recherche en bio-informatique - h/f

Laboratoire de Recherche Vasculaire Translationnelle - U1148

Situé au GH BICHAT CLAUDE BERNARD ( Paris 18)

Mission principale :

Nous recrutons un·e ingénieur de recherche pour rejoindre un projet de rupture visant à améliorer le diagnostic et le traitement de l’ischémie mésentérique aiguë (IMA), en combinant plusieurs approches de recherche autour de deux axes majeurs. L’IMA est un accident vasculaire de l’intestin dont la mortalité demeure environ six fois supérieure à celle de l’infarctus du myocarde, en raison de grandes difficultés diagnostiques et de l’absence de traitement spécifique. Ce projet, au cœur des pathologies cardio-vasculaires, digestives et d’urgence, est porté par une équipe leader internationale dirigée par les Pr Corcos et Nuzzo (AP-HP, Inserm U1148 LVTS), labellisée FHU TSUNAMI (Towards Strategies for Unmet Needs in Acute Mesenteric Ischemia) en Île-de-France pour 2025–2030.Nous recrutons un·e ingénieur de recherche pour ce projet innovant, combinant plusieurs approches de recherche autour de deux axes majeurs :


1. Développement de biomarqueurs diagnostiques pour l’ischémie mésentérique
• Exploitation d’une biobanque de sang humain.
• Validation de données métabolomiques existantes et acquisition de nouvelles données protéomiques.
• Analyses intégrées et évaluation de leur valeur pronostique et thérapeutique.
• Développement de pipelines bioinformatiques pour intégrer des données multi-omiques (protéomique, métabolomique).
• Interaction avec nos collaborateurs pour dévelloper les outils de machine learning pour entraîner et comparer différents modèles (régressionæ logistique, Random Forest, SVM, réseaux de neurones, etc.) afin d’identifier les meilleures combinaisons de biomarqueurs à usage clinique.


2. Identification et évaluation de nouvelles cibles thérapeutiques
• Étude des mécanismes de la thrombo-inflammation dans un modèle murin d’ischémie-reperfusion mésentérique.
• Analyse du rôle du microbiote intestinal et des traitements antibiotiques.
• Profilage métabolique du microbiote par LC-MS et intégration des données obtenues.
Le cantidat travaillera en autonomie au sein du LVTS, en collaboration avec des ingénieurs et chercheurs dans le secteur d’activité concerné.

Activités principales:

• Participer aux analyses computationnelles et à l’intégration de données multi-échelles (Protéomique, métabolomique, microbiome).
• Développer des pipelines bioinformatiques pour la fusion des données multi-omiques.
• Réaliser des analyses statistiques avancées et des modèles de machine learning pour optimiser la précision diagnostique et la traduction en pratique clinique.
• Contribuer à l’analyse des données sur le microbiote et leur interprétation physiopathologique.
• Collaborer avec les partenaires expérimentaux pour valider les résultats in silico et guider les expériences fonctionnelles.