Ingénieur-e en calcul scientifique h/f

Informations générales

Réservé aux agents CNRS (fonctionnaires et CDI) et aux fonctionnaires et CDI de droit public
Intitulé de l'offre : Ingénieur-e en calcul scientifique H/F
Référence : UPR3212-MOBINT-O53036
Lieu de travail : STRASBOURG
Institut : INSB - Institut des sciences biologiques
Date de publication : mardi 29 avril 2025
Session : Campagne Printemps 2025
Groupe de Fonction : IEG3
BAP : E - Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Ingénieur-e en calcul scientifique

Missions

Le/la candidat(e) devra :
-Mettre en œuvre des méthodes mathématiques et des techniques informatiques pour optimiser la
gestion et l'analyse de données « omics », notamment transcriptomiques et épigénomiques, pour les
équipes de 2 unités de Neurosciences strasbourgeoises : l'INCI (UPR3212) et le LNCA (UMR7364).
-Travailler en interaction avec les biologistes de ces laboratoires et les informaticiens des
plateformes haut-débit générant les données (IGBMC, .

Activités

Activités Principales :
- Mettre en œuvre des méthodes d'analyse mathématiques et de calcul intensif pour répondre aux
besoins de recherches menées en « omics » et en exploiter les données,
- Installer des environnements de travail favorisant la reproductibilité, des outils et des
logiciels de calcul scientifique sur des moyens de calcul,
- Développer et optimiser des codes pour répondre aux besoins de traitement et d'analyse des données
« omics », en assurer la mise en forme et la mise à la disposition de la communauté sur des
répertoires libres d'accès,
- Interagir avec les neurobiologistes du LNCA et de l'INCI pour optimiser les designs expérimentaux,
choisir les logiciels et méthodes mathématiques à employer, et aider à l'interprétation des données,
- Gérer le cycle de vie et le contrôle des données issues du LNCA et de l'INCI, des procédures de
recueil jusqu'en sortie des calculs, cela en collaboration avec les plateformes locales,
- Assurer la documentation, la maintenance et la publication des méthodes et outils développés,
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études,
- Effectuer des présentations, conseiller et former les membres de l'INCI et du LNCA, afin d'assurer
un transfert de connaissances et de compétences,
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité, notamment en
participant à des réseaux professionnels.

Activités Associées :
- Conditions particulières d'exercice : le/la candidat(e) interagira avec les interlocuteurs
scientifiques sur 2 sites (LNCA, INCI), ainsi qu'avec les plateformes locales (IGBMC, IBMP).

Compétences

Le/la candidat(e) doit disposer d'une licence en informatique scientifique, ou d'un master ou
diplôme d'ingénieur en bioinformatique.

CONNAISSANCES :
- Connaissances en mathématiques, algorithmique et modélisation numérique,
- Connaissances approfondies en biostatistiques et bioinformatique,
- Connaissances ou expérience préalable en génomique et épigénétique, notamment concernant les
modifications post-traductionnelles des histones, la méthylation de l'ADN, l'analyse d'états
chromatiniens,
- Cadre légal et déontologique,
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).

COMPETENCES OPERATIONNELLES :
- Maîtriser l'environnement unix (Shell) et des langages de programmation (dont R, Python),
- Gérer un référentiel d'outils d'analyse de données génomiques,
- Analyser des données génomiques : analyses primaires et analyses secondaires intégratives
multiomiques (par ex. construction et annotation de réseaux de co-expression de gènes),
- Rédiger des rapports d'analyse,
- Interagir avec des neurobiologistes et des informaticiens, cela sur plusieurs sites, les
conseiller et les accompagner dans leurs analyses,
- Préparer et animer des sessions de formation aux outils d'analyse de données génomiques,
- Assurer une veille des outils d'analyse de données génomiques.

SAVOIR-ETRE :
- Sens de l'organisation et du travail en équipe,
- Être rigoureux(se) et faire preuve d'autonomie,
- Disponibilité et réactivité.

Contexte de travail

Cette demande est mutualisée entre 2 unités de neurosciences (INCI et LNCA) situés dans des
bâtiments proches au sein du même campus strasbourgeois. Le besoin est lié à l'évolution forte des
études mécanistiques en neurosciences, faisant aujourd'hui appel à du calcul scientifique lié aux
techniques « omics », notamment épigénomiques et transcriptomiques.
Les équipes de l'Institut des Neurosciences Cellulaires & Intégratives (INCI, UPR3212, directeur M.
Barrot) mènent des recherches d'une part sur la douleur (traitements, comorbidités psychiatriques)
et d'autre part sur les rythmes biologiques journaliers et saisonniers. Le laboratoire de
Neurosciences Cognitives & Adaptatives (LNCA, UMR7364, directrice C. Mathis) étudie plus
particulièrement les processus cognitifs et mnésiques et les maladies neurodégénératives. Le poste
est en rattachement principal à l'INCI, avec 50% du temps de travail passé dans chacun des 2
laboratoires demandeurs (INCI, LNCA) en fonction des projets. Les missions et activités seront
identiques entre les 2 unités.
Les laboratoires sont localisés sur le campus universitaire de l'Esplanade à Strasbourg, bien
desservie en transport en commun (Tram, Bus). Les laboratoires bénéficient des avantages et
commodités de la vie universitaire.
- Conditions particulières d'exercice :
Le/la candidat(e) interagira avec les interlocuteurs scientifiques sur 2 sites (LNCA, INCI), ainsi
qu'avec les plateformes locales (IGBMC, IBMP) et leurs bioinformaticiens.
cette fonction ouvre droit à la perception de l'indemnité de Référence pour les Informaticiens(IRI).