Ingénieur-e biologiste en traitement de données de séquences

Vos missions en quelques mots Contexte scientifique de travailL’analyse de la diversité génétique intra-variétale de la vigne est une thématique importante de l’équipe DAAV (Diversité, Adaptation et Amélioration de la vigne) de l’UMR AGAP (Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes). Notre objectif est à la fois de comprendre les bases moléculaires de cette diversité, développer une méthodologie d’identification des clones et vérifier si la diversité clonale peut être un outil intéressant pour la recherche de gènes impliqués dans des traits d’intérêt.Un travail a été initié en 2020 par l’analyse d’une collection privée de 58 clones de Merlot dans le cadre de la thèse de doctorat de Mme Lesbats-Sichel V., soutenu le 14 décembre 20231. Dans le cadre de sa thèse, V. Lesbats-Sichel a dans un premier temps réalisé un séquençage du génome du Merlot sur un clone agrée (clones 343) ainsi que de ses 2 parents (Cabernet franc et Magdeleine noire des Charentes). Ces données ont permis d’établir une séquence de bonne qualité du Merlot et de démonter la présence de chimères chez le Merlot 2.En parallèle, les 58 clones ainsi que 3 clones agréés de Merlot ont été séquencés par illumina pour identifier des polymorphismes entre clones. Ces données n’ont malheureusement à ce stade pas encore permis d’identifier avec précision des variants permettant d’identifier les clones.Un séquençage Pacbio de deux clones extrêmes de la collection privée a été réalisé. La comparaison des séquences des 3 clones (343 et deux clones extrêmes) a permis d’identifier les variants SNP et SV différentiant les 3 clones. De même, des séquences RNAseq réalisées sur baies de Merlot au cours du développement du raisins sont disponibles dans l’équipe. De nombreuses données de RNAseq sur la vigne sont également disponibles dans les bases de données internationales.1 Sichel, V.: 2023: Identification et sélection intra-variétale de la vigne à l’aide des outils génomiques actuels. Thèse de l’institut Agro Montpellier et de l’université de Montpellier, soutenue le 14 décembre 2023, Montpellier2 Sichel, V., Sarah, G., Girollet, N., Laucou, V., Roux, C., Roques, M., Mournet, P., Cunff, L.L., Bert, P.F., This, P., Lacombe, T. : 2023. Chimeras in Merlot grapevine revealed by phased assembly. BMC Genomics 24, 396. https://doi.org/10.1186/s12864-023-09453-8ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL Profil recherché Formation recommandée : Master en analyse des données ou bio-informatique◼ Compétences en gestion et traitement des données de séquence illumina et long reads et RNAseq◼ Expériences appréciées : Programmation R, utilisation d'un cluster de calcul type HPC et de git/gitlab pour la gestion de projet d’analyse.◼ Connaissances souhaitées : Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie), biologie (connaissance générale), Langue anglaise : B1 à B2◼ Aptitudes recherchées : Rigueur et sens de l’organisation, motivation, esprit d’équipe et aptitude au travail en groupe, sens relationnel, curiosité intellectuelle. Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 6 Licence/diplômes équivalents