Chercheur / ingénieur en bio-informatique f/ h auprès du professeur duboule

Chercheur / Ingénieur en bio-informatique F/ H auprès du Professeur DUBOULE

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* Fonction publique : Fonction publique de l'État

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* Nature de l’emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels
* Nature du contrat Non renseigné
* Expérience souhaitée Non renseigné
Rémunération Fourchette indicative pour les contractuels Non renseignée Fourchette indicative pour les fonctionnaires Non renseignée
* Catégorie Catégorie A (cadre)
* Management Non renseigné
* Télétravail possible Non

Contexte
Notre laboratoire s'intéresse à la compréhension des événements génétiques précoces au cours de la spécification axiale chez les mammifères. En raison des difficultés à étudier ces processus dans l'embryon, nous utilisons un système de substitution in vitro qui reproduit ces étapes et nous fournit un matériel suffisant pour étudier l'élongation axiale à la fois au niveau moléculaire et cellulaire. Nous utilisons des méthodes de biologie moléculaire pour étudier l'état transcriptionnel des gastruloïdes en développement (bulk RNA-seq, scRNA-seq), la chromatine en 2D (ATAC-seq, ChIP-seq) et la chromatine en 3D (Hi-C, Micro-C). En outre, nous utilisons des techniques d'imagerie pour visualiser l'activité de certains gènes du développement.

Mission
Vous fournirez un soutien en bioinformatique et en analyse computationnelle dans le domaine de l'organisation de la chromatine au cours de la régulation des gènes au cours du développement au sein du laboratoire. Votre mission consiste à assister les membres du laboratoire dans ces analyses bioinformatiques à l'aide d'un serveur local Galaxy associé au laboratoire. En, vous ferez partie de la communauté mondiale dynamique et solidaire de Galaxy.

Connaissances et compétences
- Expérience dans l'analyse de grands ensembles de données génomiques et de bio-statistiques est souhaitable (c'est-à-dire Hi-C, Micro-C, scRNA-seq, bulk RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq)

- Connaissance théorique et pratique de la programmation/biostatistique (R, bash, python)

- Une certaine connaissance de la biologie du développement et de la régulation des gènes serait un plus

- Bonne maîtrise de l'anglais

Profil recherché
Niveau d'études : Diplôme de troisième cycle (MSc/PhD) en biologie informatique, bioinformatique ou biostatistique

Une expérience dans l'un de ces domaines serait un plus


Profil recherché

Profil recherché
Niveau d'études : Diplôme de troisième cycle (MSc/PhD) en biologie informatique, bioinformatique ou biostatistique

Une expérience dans l'un de ces domaines serait un plus

Pour toute information supplémentaire ou scientifique, peut être obtenue directement à l’adresse maildu professeur Duboule: denis.duboule@college-de-france.fr


Niveau d'études minimum requis

* Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents
* Anglais Maîtrise


Localisation

Localisation : 11 Place Marcelin Berthelot 75231 Paris

* Flèche gauche : déplacer la carte vers la gauche
* Flèche droite : déplacer la carte vers la droite
* Flèche bas : déplacer la carte vers le bas
* Flèche haut : déplacer la carte vers le haut


Éléments de candidature


Documents à transmettre

Pour postuler à cette offre, l'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire


Qui sommes-nous?


Une institution unique

Institution singulière en France, sans équivalent à l’étranger, le Collège de France occupe une situation à part dans la recherche fondamentale et l’enseignement supérieur français. Le Collège de France a pour mission de contribuer au développement et au progrès de la science et de la culture, de promouvoir la recherche et d’en diffuser les résultats par des enseignements, des missions et des publications. Les enseignements sont délivrés sans condition d’accès et sans finalité de grade ou de diplôme. Ils sont organisés dans des conditions fixées par l’assemblée du Collège de France.

Depuis sa fondation, en 1530 par François Ier, jusqu’à nos jours, deux dispositions essentielles ont maintenu et développé sans discontinuité la valeur créatrice de cette communauté savante :

* Lors de départs à la retraite de professeurs, le renouvellement des chaires se fait en fonction des derniers développements de la science, l’intitulé de la chaire créée définissant la nouvelle thématique de recherche.
* Le libre choix par leurs pairs, réunis en assemblée du Collège de France, des nouveaux professeurs appelés à occuper ces chaires suivant la seule considération de leurs travaux antérieurs, et non de leurs titres.

Par la souplesse et le dynamisme de ce processus, le Collège de France peut s’adapter en permanence à l’évolution des sciences et rester ainsi un pôle d’animation de la communauté scientifique. Le Collège de France ne cesse de vérifier cette phrase d’un de ses professeurs, Maurice Merleau-Ponty : « Ce que le Collège de France, depuis sa fondation, est chargé de donner à ses auditeurs, ce ne sont pas des vérités acquises, c’est l’idée d’une recherche libre ».


Docet omnia

Le Collège de France est voué à la recherche fondamentale. Il a, en outre, l’obligation de diffuser les résultats de cette recherche dans le cadre d’un enseignement particulier. Les professeurs sont tenus d’enseigner « le savoir en train de se faire ».


La liberté de la recherche et des enseignements

Les chaires du Collège de France intéressent les domaines les plus variés : mathématiques, physique, chimie, biologie, histoire, archéologie, linguistique, orientalisme, philosophie, sciences sociales…

Elles ne sont pas permanentes : le principe de mutabilité des chaires évite la rigidité des grilles de disciplines. À l’initiative de l’assemblée du Collège de France, le titre d’une chaire devenue vacante peut être maintenu ou le plus souvent transformé : un mathématicien peut succéder à un historien ou un linguiste à un économiste. Aucun grade universitaire n’est requis pour celui qui se présente aux suffrages, seules comptent l’importance et l’originalité de ses travaux. Ainsi, le Collège jouit non seulement d’une liberté considérable dans ses activités d’enseignement et de recherche mais s’adapte aussi aux progrès réalisés dans tous les domaines de la connaissance.

Enseigner librement la recherche en train de se faire à tous les publics intéressés, faciliter la diffusion des connaissances, favoriser l’émergence de disciplines nouvelles et l’approche multidisciplinaire de la recherche de haut niveau, contribuer à l’image internationale de notre pays dans les domaines de la recherche et de la culture, telles sont, depuis des siècles, les missions du Collège de France. Dans un monde en perpétuel changement, confronté au développement des connaissances sans précédent, au foisonnement des informations, aux nouvelles techniques de communication et aux adaptations sociales et professionnelles indispensables, ces missions sont plus que jamais d’actualité.


Descriptif du service

Le Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (CIRB), situé au Collège de France dans le centre de Paris, est une structure de recherche associant le Collège de France, le CNRS et l’INSERM.

Le Centre est composé de plusieurs équipes de recherche indépendantes dont les travaux s’intéressent à de multiples aspects de la biologie allant de la théorie, l’evo-devo, la microbiologie, la biologie cellulaire et le développement, le cancer, les maladies cardiovasculaires aux neurosciences. Il comprend plusieurs plateformes techniques de pointe en support de ces équipes, en particulier en imagerie et en expérimentation animale. Le CIRB continue à développer des interactions fortes avec des institutions de PSL, telles l’Ecole Normale Supérieure et l’Institut Curie,et fait partie du Labex Memolife.

Modalités de candidature
Le dossier de candidature, constitué des documents suivants :

- Une lettre de candidature, indiquant les noms de deux personnes à contacter en cas de demande de références.

- Un curriculum vitae précisant l'employeur et le statut

- Une brève déclaration des intérêts de la recherche

Doit être adressé dans un délai de 1 mois suivant la publication à la Direction des Ressources Humaines à l’adresse suivante :

Poste réservé aux contractuels de catégorie A - ingénieur de recherche
CDD 1 an renouvelable

Vacant à partir du 01/09/2025

Chercheuse / Chercheur


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