Laboratoire
L’équipe Cavalli recherche un.e chercheur.e post-doctorant pour étudier l’hétérogénéité au sein de tumeurs cérébrales pédiatriques.
L’équipe Bioinformatique et Génomique Intégrative des Cancers développe ses travaux au sein de l’unité U900, Cancer et Génome : Bioinformatique, Biostatistiques et Épidémiologie des Systèmes Complexes (INSERM, Mines ParisTech, Institut Curie) à l’Institut Curie. Ce département est composé de ~90 chercheurs et étudiants regroupés au sein d’équipes multidisciplinaires grandissantes composées de bioinformaticiens, biologistes, médecins, mathématiciens, statisticiens, physiciens et informaticiens (page unité U900 ).
L’équipe Cavalli étudie l’hétérogénéité tumorale pour répondre à des questions cliniques importantes. Nous développons au sein du laboratoire des approches génomiques pour étudier différents aspects cliniques de la biologie des tumeurs cérébrales en analysant des données générées à partir d’échantillons de patients. Plus spécifiquement, nous étudions l’hétérogénéité intra-tumorale et spatiale, les interactions avec le microenvironnement, et l’évolution des gliomes et des tumeurs pédiatriques cérébrales. Nos projets sont développés dans un environnement dynamique et collaboratif avec les chercheurs et cliniciens de l’Institut Curie et nationaux /internationaux.
Projet de recherche
Nous recherchons un(e) chercheur(se) motivé(e) et talentueux(se) pour contribuer au projet ENCOURAGER, un projet collaboratif financé par la fondation européenne Fight Kids Cancer. Ce projet a pour but d’étudier les causes de la résistance de traitements ciblés dans les gliomes pédiatriques. Le/la candidat(e) étudiera l’évolution longitudinale de l’évolution des gliomes sous traitement ciblé avec l’analyse d’un nouveau jeu de données multi-omic à l’échelle de la cellule unique provenant de modèles PDXs. Ce projet est mené en collaboration étroite avec le laboratoire de Dr. Ana Guerreiro Stücklin (University Children’s Hospital, Zurich) qui réalise les expériences sur les tumeurs et modèles. Le/la candidat(e) sélectionné aura terminé sa thèse récemment, des publications montrant des stratégies d’analyses de données pointues/innovantes. Il/elle aura l’ambition de déchiffrer la complexité de la biologie des gliomes pédiatriques, particulièrement l’hétérogénéité intra-tumorale, en réalisant des analyses bioinformatiques poussées à partir de nouveaux types de données de séquençages à l’échelle de la cellule unique.
Responsabilités
- Développer et mener un projet de recherche ciblant l’hétérogénéité tumorale/résistance au traitement
- Analyse complète de données (qualité, traitement, normalisation, résultats, visualisation, interprétation…) à partir de données brutes
- Analyser des données single-cell RNA-seq et single-nucleus ChIP-seq
- Analyse de données à grande échelle et intégration de différents types de données « omique »
- Utilisation et développement de méthodes et de stratégies pour évaluer la résistance au traitement
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