Mutagénèse et sélection de catalyseurs enzymatiques pour des applications biotechnologiques : d[...]

Description du sujet de thèse

Domaine
Sciences du vivant

Sujets de thèse
Mutagénèse et sélection de catalyseurs enzymatiques pour des applications biotechnologiques : développement d'une méthode intégrée in vivo

Contrat
Thèse

Description de l'offre
La biocatalyse, c'est-à-dire l'utilisation d'enzymes en chimie de synthèse, offre un large éventail de solutions " vertes " pour de nombreuses conversions. Les avantages des catalyseurs enzymatiques sont multiples : les enzymes élargissent les possibilités de synthèse à des transformations non accessibles par les procédés de chimie conventionnelle, la catalyse est le plus souvent asymétrique et réalisée dans des conditions douces réduisant risques, coûts et pollutions. Pour atteindre le plein potentiel de la biocatalyse, il est nécessaire de diversifier la spécificité de substrat des enzymes natives et améliorer leur vitesse de réaction sur des composés non-naturels. Des approches complémentaires sont activement développées, allant de la recherche de nouveaux catalyseurs dans la biodiversité accessible dans les banques de données génomiques aux méthodes de mutagénèse aléatoires ou dirigées et de détection à haut débit des activités enzymatiques. Lorsque l'activité enzymatique confère un avantage de croissance aux cellules-hôtes, la sélection in vivo dans un contexte génétique approprié permet de cribler de très larges banques de variantes des enzymes cibles.

A l'interface entre génétique moléculaire et biocatalyse pour la synthèse de composés chimiques d'intérêt, l'objectif du projet de thèse est d'installer dans le chromosome de l'organisme modèle Escherichia coli un système de mutagénèse in vivo faisant appel à des éditeurs de bases couplés à la RNA polymérase du phage T7 dont l'activité sera dirigée sur le gène d'intérêt choisi. Une fois validée, la méthode sera appliquée à l'évolution d'enzymes de type déshydrogénase, déjà activement étudiées dans le laboratoire, pour la sélection de variantes efficaces pour des conversions chimiques d'intérêt industriel.

Le/la doctorant.e pourra acquérir une expertise en génétique moléculaire, biologie synthétique, évolution dirigée in vivo et en biocatalyse appliquée à la synthèse organique et bénéficiera de l'environnement multidisciplinaire de l'UMR Génomique Métabolique.

Université / école doctorale
Structure et Dynamique des Systèmes Vivants (SDSV)
Paris-Saclay

Localisation du sujet de thèse
Site
Fontenay-aux-Roses

Critères candidat
Formation recommandée
Master 2 Microbiologie-Biotechnologie-Biologie synthétique

Demandeur
Disponibilité du poste
01/10/2025

Personne à contacter par le candidat
Döring Volker vdoring@genoscope.cns.fr
CEA
DRF/JACOB
Genoscope
2 rue Gaston Crémieux
91000 Evry
0160874586

Tuteur / Responsable de thèse
Döring Volker vdoring@genoscope.cns.fr
CEA
DRF/JACOB
Genoscope
2 rue Gaston Crémieux
91000 Evry
0160874586

En savoir plus #J-18808-Ljbffr