Développement de l'analyse épitranscriptomique des arn dans les biopsies liquides et profilage des patients normaux et atteints de cancer // development of epitranscriptomic analysis of rnas in liquid biopsies and profiling of normal and cancer patients

Topic description

Objectifs :
1. Évaluer la quantité et la qualité des ARN circulants humains et déterminer les applications possibles du profilage épitranscriptomique ;
2. Optimiser toutes les étapes de l'extraction des ARN, du traitement chimique et de la préparation des bibliothèques pour un séquençage fiable des ARN cibles ;
3. Mettre en place une technologie permettant un profilage épitranscriptomique robuste et précis des espèces d'ARN présentes dans les biopsies liquides humaines et les fluides corporels tels que le sang, la salive et l'urine ;
4. Appliquer la technologie développée au profilage de la cohorte de patients atteints de cancer de la prostate et les comparer avec des sujets sains ;
5. Explorer la possibilité d'associer cette analyse à la technologie de séquençage nanopore.

Résultats attendus :
1. Acquérir des connaissances sur la composition des ARN non codants stables dans les biopsies liquides humaines et les fluides corporels et sélectionner des cibles appropriées et pertinentes pour le profilage épitranscriptomique ;
2. Établir des profils de modifications de l'ARN de référence pour des sujets sains ;
3. Comparer les profils de modifications de l'ARN des sujets sains et des patients atteints de cancer de la prostate (PCa) ;
4. Évaluer l'adéquation des profils épitranscriptomiques de l'ARN comme biomarqueurs ONT du cancer de la prostate.
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Objectives:
1. Evaluate amount and quality of human circulating RNAs and assess possible applications of epitranscriptomics profiling;
2. Optimise all steps of RNA extraction, chemical treatment and library preparation steps for reliable deep sequencing of target RNAs;
3. Establish technology allowing robust and precise epitranscriptomic profiling of RNA species present in human liquid biopsies and body fluids like blood, saliva and urine samples;
4. Apply the developed technology to profiling of the cohort of PCa cancer patients and compare them to healthy subjects; 5. Explore possibility for coupling this analysis to nanopore sequencing technology

Expected Results:
1. Gain the knowledge on the composition of stable non-coding RNAs in human liquid biopsies and body fluids and select suitable and relevant targets for epitranscriptomic profiling;
2. Establish reference RNA modification profiles for healthy subjects;
3. Compare RNA modification profiles for healthy subjects and PCa patients;
4. Evaluate the suitability of RNA epitranscriptomic profiles as ONT biomarkers of PCa.
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Début de la thèse : 01/09/
WEB :

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EU funding

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Programmes de l'Union Européenne de financement de la recherche (ERC, ERASMUS)