Ingénieur-e biologiste en analyse de données h/f

Informations générales

Réservé aux agents CNRS (fonctionnaires et CDI) et aux fonctionnaires et CDI de droit public
Intitulé de l'offre : Ingénieur-e biologiste en analyse de données H/F
Référence : UPR3212-MOBINT-O53019
Lieu de travail : STRASBOURG
Institut : INSB - Institut des sciences biologiques
Date de publication : mardi 29 avril 2025
Session : Campagne Printemps 2025
Groupe de Fonction : IRG3
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Missions

- Concevoir et organiser la collecte et le traitement de données « omics » (notamment
transcriptomiques,
épigénomiques et protéomiques) pour les équipes de 2 Unités de Neurosciences strasbourgeoises : le
LNCA
(UMR7364) et l'INCI (UPR3212).
- Analyser des données « omics ».
- Créer et mettre en place des pipelines d'analyse standardisés et reproductibles.
- Travailler en interaction entre les biologistes de ces Unités et les informaticiens des plateformes
haut-débit générant les données (IGBMC, IBMP, .

Activités

- Définir le plan d'étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé.
- Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d'information permettant de
collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données.
- Analyser les données « omics » issues de travaux de recherche de l'INCI et du LNCA.
- Concevoir de nouveaux outils d'analyse adaptés aux questions scientifiques soulevées par les
données.
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports,
brevets,
publications, présentations orales.
- Gérer les moyens humains, techniques et financiers alloués aux dispositifs de collecte et de
traitement de
données.
- Orienter, conseiller et former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des
techniques d'analyse et d'interprétation des données biologiques.
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité.
- Animer des réseaux professionnels d'échange de compétences.
- Conditions particulières d'exercice : le(a) candidat(e) interagira avec les interlocuteurs
scientifiques
sur 2 sites (INCI, LNCA), ainsi qu'avec les plateformes locales (IGBMC, IBMP) et nationales (SFBI,
France
Génomique).

Compétences

CONNAISSANCES :
- Connaissances approfondies dans le recueil, l'analyse et le traitement des données « omics », en
particulier en génomique et épigénomique.
- Connaissances approfondies en biostatistiques, biomathématiques et bioinformatique appliquées à
l'analyse de données « omics ».
- Connaissances générales en biologie moléculaire et génomique et connaissance approfondie des
principales
banques de données biologiques.
- Cadre légal et déontologique.
- Connaissance de l'environnement et des réseaux professionnels.
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues).

COMPETENCES OPERATIONNELLES :
- Concevoir un plan d'échantillonnage.
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats.
- Maîtriser l'environnement unix (Shell) et au moins un langage de programmation (exemples: R,
Python).
- Utiliser des ressources de calcul intensif (gestionnaire de tâches type Slurm, gestionnaires
d'environnement type Conda, gestionnaire de pipelines d'analyse type snakemake ou nextflow)
- Analyser des données de Next-Generation Sequencing (NGS).
- Mettre en œuvre une démarche qualité.
- Transmettre des connaissances et former.

Contexte de travail

Cette demande est mutualisée entre 2 laboratoires de neurosciences (INCI et LNCA) situés dans des
bâtiments proches au sein du même campus strasbourgeois.
Le besoin est lié à l'évolution forte des études mécanistiques en neurosciences, faisant aujourd'hui
appel aux techniques « omics » (analyses épigénomiques, transcriptomiques et protéomiques).
Les équipes de l'Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI, UPR3212, directeur M.
Barrot) mènent notamment des recherches sur la douleur (traitements, comorbidités psychiatriques), les
troubles psychiatriques (dépression, addiction) et les rythmes biologiques journaliers et saisonniers.
Le laboratoire de Neurosciences Cognitives et Adaptatives (LNCA, UMR7364, directrice C. Mathis) étudie
plus particulièrement les processus cognitifs et mnésiques et les maladies neurodégénératives.
Le poste est en rattachement principal à l'INCI, avec 50% du temps de travail passé dans chacun des 2
laboratoires demandeurs (INCI, LNCA) en fonction des projets.