Développeur.euse bio-informatique

Retour à la liste des résultats


Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l’Unité de Nutrition Humaine (environ 150 personnes) et plus spécifiquement l’équipe VaRIAe (15 personnes) dont les objectifs scientifiques sont de décrire, comprendre et prédire la variabilité inter-individuelle du métabolisme et de la réponse à l’alimentation, avec pour finalité l’amélioration de la prévention nutritionnelle des maladies cardiométaboliques et l’accompagnement d’un vieillissement en santé.

Vous serez principalement impliqué.e dans le projet MASTIPROG, financé par Qualiment. Ce projet s’appuie sur un masticateur artificiel (AM2) permettant de générer des bols alimentaires dans des conditions de mastication contrôlées, ensuite caractérisés (granulométrie, biochimie, …) et utilisés dans des essais de digestion in vitro. La programmation de l’AM2 repose sur des données collectées in vivo pour chaque type d’aliment. MASTIPROG a pour objectif de faire évoluer cette méthodologie par la construction d’une base de données alimentée par les essais déjà réalisés et d’une interface permettant de l’interroger. Sur la base d’un corpus de données historiques mis à disposition par l’équipe, un outil de prédiction sera développé pour assister la programmation de l’AM2 afin de produire des bols alimentaires dans différentes conditions orales et pour divers objectifs scientifiques, en réduisant le recours aux essais in vivo ainsi que les coûts et délais associés.

Votre mission principale sera de développer une base de connaissances dédiée à la mastication artificielle. Pour cela, vous intégrerez une équipe dynamique et travaillerez en étroite collaboration avec un ingénieur chargé de la conception et du développement de l’instrument, un ingénieur de recherche en bio-informatique de l'équipe ainsi qu’avec une chercheuse spécialiste en physiologie de la mastication. Vous mobiliserez vos compétences en ingénierie logicielle et en structuration des données dans un contexte d’exploitation de données au service de l’expérimentation.


Vous serez plus particulièrement en charge de:

- concevoir un modèle de données intégrant les différentes dimensions des jeux de données déjà collectés (propriétés aliment brut, traits santé bucco-dentaire, propriétés des bols alimentaires) ;

- construire la base de données et l'API correspondante;

- construire la partie interface permettant l'interrogation et la fouille de la base;

- choisir, entrainer, implémenter et intégrer un outil de prédiction relatif à la configuration de AM2;

- produire les documentations et examen de codes, publier les codes sur dépôt Git du projet;

- construire les pipelines de CI/CD nécessaires;

- construction et administration de l'environnement informatique hébergeant la base (Cloud UCA);

- formation des futur.e.s utilisateur.trice.s.


Formations et compétences recherchées

Licence (Bac+3)


Formation recommandée:

* intérêt pour le développement de logiciels
* motivation pour les dernières technologies web
* connaissance des API REST et des pipelines CI/CD
* connaissance des microservices serait un avantage


Connaissances souhaitées:

* environnement de travail sous Linux, IDE IntelliJ
* Python et Java
* SQL, RDF
* norme API ouverte
* Git et Docker
* qualité du code
* méthodes agiles et Scrum


Expérience appréciée:

* expérience du développement logiciel dans ou en collaboration avec un laboratoire de recherche
* connaissance des API REST et des pipelines CI/CD
* connaissance des microservices serait un avantage


Aptitudes recherchées:

* organisé.e et respect des délais
* autonomie
* travail en équipe


Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein) ;
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.

Le site de Theix situé à Saint-Genès-Champanelle est desservi par la ligne T2C numéro P39 ainsi qu’une ligne de transport à la demande, il est également équipé de stationnements et de services dédiés à la pratique du vélo.


Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr