Description entreprise : L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique. Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle. L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs. Description du poste : Labellisé en mai 2023, l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Immun4Cure est le fruit de la collaboration entre l’Inserm, le CHU de Montpellier et l’Université de Montpellier. Il incarne une initiative novatrice rassemblant 15 équipes mixtes de recherche et plus de 200 personnels de recherche. Centré sur la polyarthrite rhumatoïde, le lupus et la sclérodermie, les objectifs sont : Comprendre et modéliser la réponse immunitaire à partir de modèles pré-cliniques humanisés Proposer un parcours de soins optimisé et dédié aux maladies auto-immunes systémiques Favoriser l'accessibilité aux thérapies curatives par le développement de stratégies basées sur les technologies ARN Favoriser la formation et développer une école de santé de biotechnologies et applications en santé Mission principale : L’ingénieur·e d’études recruté·e aura pour mission de mettre en œuvre, exploiter et maintenir des pipelines automatisés de traitement de données de protéomique, en lien étroit avec la plateforme de protéomique et les équipes de bioinformatique de l’IHU Immun4Cure. Il/elle participera à l’intégration, à la structuration et à la qualité des données protéomiques au sein de la base de données centrale de l’IHU, ainsi qu’au suivi des traitements automatisés. Les pipelines concerneront notamment des approches de protéomique en cellules uniques, impliquant l’utilisation d’outils et de librairies spécifiques (dont Olink). Selon l’expérience acquise, l’ingénieur·e d’études pourra être amené·e à contribuer à des analyses exploratoires de jeux de données protéomiques, en appui aux projets scientifiques des équipes de recherche. Activités principales : Implémenter et déployer des pipelines automatisés de traitement de données de protéomique, en combinant logiciels constructeurs et outils open source. Intégrer ces pipelines à la plateforme multimodale de l’IHU : alimentation de la base de données centrale, dépôt et organisation des fichiers dans l’architecture de données,suivi des versions logicielles et des bases de référence. Contribuer à la conception et à l’évolution de la base de données dédiée aux données protéomiques. Mettre en place des outils de suivi et de contrôle qualité des données, avec enregistrement d’indicateurs dans la base centrale. Produire les logs, métadonnées et la documentation technique nécessaires à la traçabilité et à l’assurance qualité. Participer aux réunions de coordination avec les bioinformaticiens de l’IHU et la plateforme de protéomique. Spécificité(s) et environnement du poste : Poste au sein de l’IHU Immun4Cure, fondation hébergée par la Fondation Inserm, labellisée France 2030. Environnement scientifique pluridisciplinaire associant recherche fondamentale, clinique et innovation technologique. Collaboration étroite avec : la plateforme de séquençage en cellules uniques, la plateforme IMGT, les bioinformaticiens et informaticiens de l’IHU. Profil recherché : Connaissances : Programmation en Python et R. Algorithmique et statistiques (statistiques multivariées, notions de machine learning). Principes de la spectrométrie de masse et de la chromatographie liquide. Notions de protéomique en cellules uniques appréciées. Savoir-faire : Développement et automatisation de pipelines de traitement de données protéomiques. Intégration de données dans des bases de données complexes. Mise en œuvre de procédures de contrôle qualité des données. Gestion des versions logicielles et des référentiels. Rédaction de documentation technique Aptitudes : Capacité à interagir avec des biologistes, cliniciens et chercheurs. Goût pour le travail en équipe pluridisciplinaire. Rigueur, sens de l’organisation et transparence. Autonomie, sens des responsabilités et implication. Expérience(s) souhaité(s) : Expérience en bioinformatique et/ou analyse de données de protéomique. Une expérience sur des plateformes de protéomique ou en spectrométrie de masse serait un atout.
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