De l'établissement :
180 métiers, 1 sens commun.
Rejoignez une communauté de professionnels qui, au quotidien, font battre le cœur du CHU de Montpellier Classé parmi les premiers hôpitaux français, le CHU de Montpellier est un acteur leader du soin, de la recherche, de l'enseignement et de la formation sur son territoire.
Intégrer nos équipes, c'est évoluer dans un environnement de pointe, et trouver du sens dans les valeurs du service public pour offrir à chacun, quelle que soit sa situation, les meilleurs soins.
Description de la mission :
Grade Grille de référence: IH
Type de contrat: Contractuels acceptés
Pourcentage d'activité: 100%
CONTEXTE :
Le laboratoire de Biologie des Tumeurs Solides du CHU de Montpellier assure une activité de référence en oncogénétique somatique des cancers solides, réalisée dans le cadre d'un partenariat étroit et structurant avec l'Institut du Cancer de Montpellier (ICM) et en interaction avec les établissements du GHT.
Le laboratoire souhaite développer des outils bioinformatiques innovants intégrant intelligence artificielle pour améliorer le diagnostic moléculaire et accompagner la prise en charge des patients atteints de cancers solides. Ce poste offre une autonomie importante dans la conception et le développement des outils, avec un impact direct sur la pratique clinique quotidienne.
Lieu d'exercice : Laboratoire de Biologie des Tumeurs Solides – CHU de Montpellier – Site Unique de Biologie
MISSIONS PRINCIPALES :
Bioinformatique et Intelligence Artificielle (35%)
– Développement et maintenance de pipelines bioinformatiques pour l'analyse des données NGS en routine diagnostique (variants, CNV, fusions)
– Conception d'outils d'aide à l'interprétation et de classification moléculaire des tumeurs par machine learning
– Développement d'approches d'intelligence artificielle explicables (XAI) intégrant données génomiques et cliniques pour accompagner la validation biologique
– Outils de visualisation pour l'exploitation des résultats intégrés en routine clinique
Recherche et Développement technologique (30%)
– Participation au développement et à la validation des nouvelles approches analytiques (ctDNA, méthylome tumoral, RNA-seq) en collaboration avec l'équipe
– Mise en œuvre de stratégies innovantes sur tissus (FFPE et frais) et biopsie liquide
– Contribution spécifique à l'intégration des données multi-analyses : croisement des résultats NGS tissulaire et ctDNA pour le suivi longitudinal, corrélation des profils de méthylation et d'expression pour la classification moléculaire, synthèse des données multi-sources pour l'aide à la décision clinique
– Veille technologique et scientifique
Lecture biologique et validation des analyses (20%) – Activité quotidienne
– Participation quotidienne à la lecture biologique de premier niveau des analyses d'oncogénétique somatique, en appui direct du biologiste médical
– Interprétation biologique et moléculaire des données issues des différentes techniques du laboratoire : NGS, ddPCR, méthylation, séquençage Sanger, recherche de fusions
– Aide à l'interprétation et rédaction des comptes-rendus d'analyses
– Contribution à la validation biologique des résultats dans le cadre du flux continu d'analyses du laboratoire
– Participation aux réunions de validation, staffs et RCP en lien avec les équipes cliniques CHU et ICM
Recherche translationnelle et partenariats (15%)
– Participation aux projets de recherche du laboratoire et de la plateforme ICM-CHU
– Valorisation scientifique des travaux (publications, communications, projets collaboratifs)
– Participation au suivi scientifique et technique des projets menés avec l'ICM et les établissements du GHT
ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL :
Le candidat intégrera une équipe composée de 2 ingénieurs et de biologistes médicaux. Il travaillera en étroite collaboration avec l'ensemble de l'équipe technique et médicale du service, ainsi qu'avec les partenaires institutionnels (ICM, GHT).
Le laboratoire a accès aux équipements du Plateau de Médecine Moléculaire et Génomique (PMMG) : plateformes NGS (Illumina NextSeq, Aviti), ddPCR, ainsi qu'aux ressources bioinformatiques institutionnelles. Un volume important de données cliniques annotées est disponible pour le développement et la validation des outils.
POSITIONNEMENT INSTITUTIONNEL :
Le poste s'inscrit dans une organisation intégrée CHU-ICM, au service des activités de soin et de recherche en oncogénétique somatique. Activité exclusivement centrée sur l'oncogénétique somatique des cancers solides (hors maladies rares et oncogénétique constitutionnelle).
DOSSIER DE CANDIDATURE :
CV détaillé, lettre de motivation, liste des publications
Profil recherché :
PROFIL REQUIS :
Formation & Expérience
* Doctorat (PhD) en bioinformatique, biologie computationnelle ou oncologie moléculaire
* Expérience confirmée en développement et maintenance de pipelines bioinformatiques
* Expérience en milieu hospitalier ou diagnostic appréciée
Compétences Techniques
* Maîtrise des pipelines NGS : analyse de variants, CNV, fusions, données d'expression
* Compétences en programmation (R, Python) et développement d'outils bioinformatiques
* Expérience en IA / machine learning appliqués aux données biologiques
Qualités requises
Rigueur scientifique, capacité d'analyse biologique, autonomie, aptitude au travail en équipe et en interface soin-recherche
Horaires : Horaires normaux
Contrat à durée déterminée
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