Votre mission : Rattaché(e) à l'équipe Functional Genomics & Proteomics, vous participerez au développement et à l'optimisation de protocoles de séquençage de troisième génération (Oxford Nanopore Technologies). Votre rôle sera transverse, couvrant l'intégralité de la chaîne de production de la donnée : de la préparation des échantillons biologiques en laboratoire à l'analyse computationnelle des séquences obtenues. Vos principales activités : Volet Expérimental : Extraction d'ADN/ARN de haute qualité. Préparation de banques de séquençage. Mise en œuvre et suivi des runs de séquençage. Contrôle qualité des échantillons et des librairies. Volet Bioinformatique : Prétraitement des données brutes (basecalling, démultiplexage, contrôle qualité des reads). Alignement sur génome de référence. Détection de variants structuraux, modifications de bases (méthylation), analyse de transcriptomes. Développement de pipelines d'analyse. Optimisation de la portabilité et de la reproductibilité des analyses entre différents environnements (HPC, Cloud, SevenBridges)
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