Topic description
L'analyse métaprotéomique pour la caractérisation du microbiome doit être amélioré au niveau de la génération de données par spectrométrie de masse afin d'obtenir le maximum d'informations utiles. Les résultats publiés par notre groupe en concernant la caractérisation d'échantillons fécaux à l'aide de la technologie Orbitrap-Astral ont permis d'identifier et de quantifier plus de peptides en une seule acquisition DIA (Dumas et al., ) et constituent un point de départ. De nouveaux modes de fractionnement des échantillons, de nouveaux modes d'acquisition de données, des filtres supplémentaires tels que la mobilité ionique FAIMS et PASEF, et de nombreux paramètres pour l'acquisition de la spectrométrie de masse seront explorés à l'aide de modèles microbiologiques standardisés représentatifs afin de maximiser les résultats avec la dernière génération d'instruments. Les méthodes seront évaluées et leur robustesse sera documentée.
Les méthodes optimisées bénéficieront à tous les autres projets du consortium METAMIC3. Pour atteindre cet objectif, le doctorant sera engagé dans une collaboration interdisciplinaire avec d'autres chercheurs du consortium, testera des échantillons représentatifs des différents échantillons traités dans le projet METAMIC3 et participera avec les développeurs de logiciels afin de faire évoluer les outils pour une meilleure couverture en métaprotéomique.
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The metaproteomics workflow for microbiome characterization should be improved at the level of mass spectrometry to obtain as much information as possible. Starting point is the results our group published in for the characterization of fecal samples by Orbitrap-Astral technology with more than, peptides identified and quantified in a single DIA acquisition run (Dumas et al., ). Novel fractionation of samples, new data acquisition modes, additional filters such as FAIMS and PASEF ion mobility, and numerous parameters for acquiring mass spectrometry will be explored with standardized microbiome models and tuned to maximize the results with the latest generation of instruments. Methods will be benchmarked and their robustness will be documented.
Maximizing the acquisition of interpretable data is of utmost interest to gain further biological insights into each sample that metaproteomics could analyze. Here, the optimized workflow and methods will benefit all the other projects of the METAMIC3 consortium. To achieve this objective, the PhD candidate will be engaged in cross-disciplinary collaboration with other researchers, test samples representative of the different samples treated in the METAMIC3 consortium and participate in close relationships with software developers to evolve tools for higher coverage of metaproteomics.
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Pôle fr : Direction de la Recherche Fondamentale
Département : Institut des sciences du vivant Frédéric JOLIOT
Service : Service de Pharmacologie et Immunoanalyse
Date de début souhaitée : 01-01-
Ecole doctorale : Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (CBS2)
Directeur de thèse : Armengaud Jean
Organisme : CEA
Laboratoire : DRF/JOLIOT/DMTS/SPI/LI2D
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Funding category
Public/private mixed funding
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