Ingénieur.e en bioinformatique et bioanalyse

Ingénieur.e en Bioinformatique et Bioanalyse

CDD·IE·12 moisBac+5 / MasterCNR des IST bactériennes, Laboratoire de Bactériologie, Hopital Saint Louis APHP·Paris 10 (France)Selon grilles de la fonction publique

Date de prise de poste : 2 février 2026

Bioinformatique Bactériologie antibiorésistance NGS génomique workflow


Description du laboratoire

Depuis le mois de juin 2020, les laboratoires de Bactériologie des hôpitaux : Lariboisière (LRB), Fernand Widal (FW) et Saint-Louis (SLS) ont fusionné sur le site Saint-Louis. De ce fait, la quasi-totalité des prélèvements de microbiologie des hôpitaux Lariboisière et Fernand Widal est envoyée aux laboratoires de Saint-Louis.

Le Service de Bactériologie Automatisée et Moléculaire -Hygiène bi-site SLS-LRB-FW est inclus dans le Département Médico-Universitaire (DMU) Biologie et Génomique (BIOGEM) des laboratoires des Hôpitaux du Nord Paris. Le service héberge le Laboratoire Associé au Centre National de Référence (CNR) des Infections Sexuellement Transmises, expertise gonocoque (https://www.cnr-ist.fr/expertise-1.html ). Le Pr Béatrice Berçot coordonne depuis 2017 la surveillance des infections à gonocoques en réalisant des enquêtes nationales EnGON en lien avec Santé Publique France. Les souches nationales sont analysées sur le plan phénotypique et génotypique par séquençage haut débit des souches visant à mieux définir la résistance et la clonalité des souches circulant sur le territoire national et notamment dans les populations à risque d’IST (patients sous PrEP, HSH, travailleur(se)s du sexe …).

La Bactériologie du département des agents infectieux de l’hôpital Saint-Louis est aussi rattachée à l’UMR-1137 INSERM, « Infection, Antimicrobiens, Modélisation, Evolution, (IAME) », équipe PreViST (https://www.iame-research.center/?p=team-previst ).

L’activité de recherche fondamentale et de recherche clinique du laboratoire porte essentiellement sur :

* La résistance aux antibiotiques et la diversité génétique des bacilles à gram négatif fermentaires et non fermentaires avec notamment chez E.coli
* L’évolution des populations résistantes chez les bactéries à Gram négatif
* La résistance aux B-lactamines et aminosides par production de méthylases de l’ARNr 16S chez les bactéries à Gram négatif
* Les infections Sexuellement Transmissibles avec notamment les infections à Neisseria gonorrhoeae : résistance et virulence
* Les infections ostéoarticulaires
* Un circuit de séquençage hebdomadaire en NGS pour l’exploration rapide des transmissions de BHREs avec la formation d’une équipe de 5 techniciens sur cette activité avec une analyse bioinformatique


Missions générales

Afin de renforcer ses activités bioinformatiques, l’équipe du service de Bactériologie et du CNR des IST bactériennes recherche un.e ingénieur.e en bioinformatique, dont les missions seront les suivantes :

* L’implémentation et la mise en place des outils et des workflows d’analyses des données issues du séquençage haut-débit des génomes bactériens, notamment la finalisation de la mise en production du pipeline d’analyse et diagnostic de la syphilis
* L’administration et la maintenance des pipelines d’analyses des génomes bactériens
* La participation aux activités du site internet du CNR https://www.cnr-ist.fr/
* Assurer une veille scientifique afin de proposer les méthodes d’analyses de données de séquençage à la pointe de l’innovation
* La valorisation et le partage des applications développées dans la communauté scientifique
* Le support technique & scientifique, et la formation des biologistes aux solutions bioinformatiques proposées
* La gestion des implémentations et le travail en interaction avec la plateforme bioinformatique de l’AP-HP MOABI


Compétences professionnelles

* Maîtrise de l’environnement Linux/Unix
* Excellente connaissance des langages Python, Perl, Bash et R
* Connaissance du gestionnaire de workflow snakemake et l’environnement virtuel Docker
* Maîtrise des concepts et outils bioinformatiques en particulier ceux utilisés en génomique et pour l’analyses des données NGS
* Maîtrise des bonnes pratiques de développement informatique (gestion de version, test fonctionnels) amenant à la production d’un code fiable
* Organisation et gestion de projet
* Pratique courante de l’anglais scientifique écrit et oral


Compétences interpersonnelles

* Autonomie, rigueur, méthode
* Excellentes qualités relationnelles, esprit d’équipe et organisationnelles
* Excellentes qualités de communication
* Capacité de travail très importante, associée à un fort dynamisme
* Curiosité, capacité d’adaptation et d’anticipation
* Fort intérêt pour le domaine des sciences biologiques en bactériologie.
* Adhésion aux valeurs du service public et intérêt prononcé pour le domaine de la santé
* Adhésion aux valeurs de partage de connaissances et de compétences

Procédure : Envoyer CV + lettre de motivation à beatrice.bercot@aphp.fr et manel.merimeche@aphp.fr

Date limite : 30 avril 2026

Béatrice Berçot
beatrice.bercot@aphp.fr

Offre publiée le 21 janvier 2026, affichage jusqu'au 30 avril 2026

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